天堂之門篇（9SⅢ，Ⅳ收錄）     
5月初，孤石島事件兩周後，木梨擅自與LAFI同調，被八十八元素其中的一個意識體奪去了身體，成了變異體的未知生物，血洗NCT研究所之後逃離。爲了追捕木梨，由宇第三次外出。變異體的目標是名爲“天堂之門”的遺産。“天堂之門”位于真目家的獎勵都市“希望”的地下巨大空洞，以上方的城市和人作爲封印，如何才能取出天堂之門？另一面，真目家的長子真目勝司與密諾娃的背叛者magic聯手，怨恨著真目家血緣的他們，亦向天堂之門進發。而鬥真的妹妹，真目麻耶，被父親命令要死守住遺産。ADEM爲了帶回由宇和變異體，出動了剛回來的先進LC部隊，多方勢力最終集結于“希望”都市的地下。鬥真和由宇與他們戰鬥，後發現勇次郎的線索，兩人一起去追尋他的蹤迹。     
ADEM篇（9SⅤ，Ⅵ，Ⅶ收錄）     
希望都市的件後，由于被由宇逃脫，且造成巨大損害，ADEM的負責人伊達真治被上頭追究責任，AEDM職責被暫停，部分轉移到“海星”部隊。由宇他們一路向著比良見特別禁止區域前進，10年前的一場爆炸中，該區域被夷平，唯獨處在比良見地區正中央的峰島勇次郎研究所無傷。而在研究所等著他們的是1萬5千兵力的“海星”部隊和擁有驚人單體戰鬥力的“七原罪”，以及從美軍那裏搶走的巨型飛行航母“自由號”。傷痕累累的由宇和鬥真面臨絕望境地，最後由宇被抓走，鬥真被困，在研究所的地下，鬥真見到了突然出現的峰島勇次郎，說了一番莫名其妙的話之後又消失了。

另一面，“海星”的真正目的被伊達發現，死守NCT研究所。最後鬥真從海星手中救回由宇，但由宇的知識以及NCT研究所的LAFI都被海星帶走，ADEM總部廢棄，海星擁有了全部的遺産知識，開始對各國非法持有遺産技術的組織宣戰。    
海星篇（9SⅧ，Ⅸ收錄）     
“海星”神出鬼沒以及絕對的戰鬥力，讓世界爲之顫抖。由宇與海星對戰，完美預測了三次海星的襲擊目標，並將其擊退後，海星終于把首要殲滅對象轉移到了ADEM上。與此同時，對沈沒的一艘“自由號”進行打撈，美國第四艦隊以及將本部設在球體實驗室中的AEDM，在海星絕對的防禦力和攻擊力面前無力回天。球體實驗室下沈陷入危機……最後擊敗了海星，由宇和鬥真卻迎來了令人絕望的真相，鬥真是由宇非殺不可的存在？……     
西伯利亞篇（9SⅩ-？）    
西伯利亞突然出現了異常的生物群，從未有過的災難即將席卷全球，無機生物和有機生物的對決……由宇在其中又該何去何從？