个人感觉，其实这是一个关于“少女的梦想”的故事。
怎么说呢，少女的梦想，相比少年的梦想，更加的温柔而细腻。像《火影》，《死神》，《海贼》，《SEED》什么的，都是“拯救世界啦”，“成为老大啊”，“守护世界和平啦~”之类的，都蛮“远大”的。而本作中我们看到的“愿望”并没有那么的“高大”。比如最初的小圆就是“帮助原本没有能力帮助的人”，焰是为了守护小圆。本作也是以此为线索展开的（个人感觉）。
而QB实现这些愿望的时候真的是“什么都可以”么？我觉得不是。首先选人是QB选的，另外发明这个“魔法少女系统”的QB等一干人马是为了“获取能量维持宇宙平衡”而这么做，并不是为了“帮助少女们实现她们不可能的愿望吧”。所以其实QB在“实现”少女们的愿望的时候也会进行一定的“和谐”，使得QB他们所建立的这个“魔法少女系统”不至于崩溃，否则有人许个“宇宙毁灭吧”的愿望不就完蛋了……也因为如此，最终改变小圆愿望的还是她自己，而小焰通过无数的循环提供了“道路”。也因此，小圆最终接受了QB的“魔法少女系统”其实是合理的，因为QB说过“要是没有我们那人类还生活在洞穴中呢”，因此小圆也只能“改变”系统，而不能使得系统毁灭，即使她许下了“QB不会来”这样的愿望，那无异于否定了自己的存在，故事也就没法继续了，QB大概也不会把这个变成真的。
小圆的愿望其实——个人认为——才是这部动漫真正的“治愈”。这部动漫不同之处在于它强调了“实现不可能的愿望要背负相应的诅咒”，这有点像《钢炼》里的“等价交换”的意思。往常这类“魔法少女”以及“火影”什么的这类动画都是“赋予我力量吧”然后再在“人生路上遇到N多坎坷”但是都能“迎刃而解”。好像天上会掉下大礼包等人开一样。这部动漫给人的“违和感”很弱。像《鲁鲁修》个人感觉就是把个人英雄主义发挥到极致，虽然很好的体现了鲁鲁修同学对于世界的“爱”，但是给人感觉“违和感”太强烈了……而小圆的愿望就是“独自扛起所有绝望，让魔法少女真正成为正义的化身吧”。
园神的愿望
小圆的愿望使得每个“魔法少女”的愿望真正圆满，她们既可以实现自己那“不可能的愿望”，又不用再去经受“希望到绝望”这一巨大的落差。虽然魔法少女最终消失的命运不可改变，虽然世界上魔物依然存在，但是没有人，包括小圆自己，会再因为自己的希望而不得不落入绝望，不得不“便当”得那么凄凉。而同时QB依然能继续收集他所需要的能量，这是“魔法少女”这个故事能够继续下去的前提之一。
人固有一死，“你愿意为了实现愿望而去拿灵魂作为交换吗”？魔法少女们的回答是“是的，我愿意”。这些被成为“奇迹”的愿望，再加上小圆的“收尾工作”，使得魔法少女们也会觉得自己短暂的一生变得完美，而不像之前那样要以悲剧收场。这还不够么？至少小圆让每个魔法少女的故事都能善始善终，至于最后是不是像EVA那样“地球毁灭”，或者一些同学理解的“全灭”，其实都并不重要了。
结局
个人认为12话最后的焰其实还是在讲小焰和小圆的羁绊，而不是“终结”。虽然动画中只展示了几次黑长直的“时间轴”，但是焰在说到“神马神马之夜”的时候说了一句“根据统计数据她会出现在那里”，个人觉得这其实是暗示黑长直不知道走过了多少个时间轴。这可不像《凉宫》那《永无止境的八月》，焰是在一次一次的有意识的经历，直到这样一个时间轴，要么像12话中知道了“时间轴的循环只会加深小圆的羁绊”而改变不了她变成魔法少女的命运，而使得自己也最终“无法净化”，要么能改变小圆的命运。如果说小圆能引发如此伟大的“奇迹”，一部分要归功于焰不断重复的时间轴，那焰到底重复了多少次呢？……所以说，黑长直是女王。
THE END
小圆本身最终化为了“魔法少女系统”的一部分，成为了“梦想的守护者”，使得每个“少女的愿望”得以圆满。因此，你被治愈了吗？我反正被治愈了。
PS：蓝毛和红马尾就算了……焰和小圆真的是百合吗？个人认为不是。世界上的爱有很多种，她们俩互相成为了对方的守护者，心灵上交织在一起，可是说这是“爱情”倒好像也不是，但这的确超越了友谊，所以个人定义它是“爱”好了。