同年十月,充四库馆正总裁,兼办理理藩院尚书事。在清代,理藩院具有与六部同等的地位,是一个专管边疆民族事务的机构。它的设置,一方面反映了清统治者对边疆民族问题的重视,同时也说明,我国长期以来逐渐形成的统一多民族国家,在清代已最后得到确立。理藩院初设时,其职官亦称承政、参政。顺治元年,与六部同时改为尚书、侍郎,不过这中间曾一度把尚书叫做“礼部尚书掌理藩院事”,左右侍郎称“礼部左右侍郎协理理藩院事”,但为时不久便诏准改正了。理藩院所用官员均系满人或蒙古人,笔帖式中兼有汉军,但绝无汉官。理藩院在康熙初置录勋、宾客、柔远、理刑四清吏司。以后,随着清朝统治势力向喀尔喀、青海、西藏,以及新疆天山南北路伸延,其管辖的范围也在不断地扩大。乾隆二十九年,经调整最后确定设旗籍(原柔远司改)、王会(客兵司改)、典属(录勋司改)、柔远、徕远、理刑六司。各司的分工:旗籍司掌内蒙诸部札萨克(称内札萨克)之疆理、封爵、谱系、盟会、邮传,以及土默特、布特哈部职官的选任引见。王会司掌颁内札萨克王公们的俸禄、朝贡、燕飧、赏赉等事。典属司负责漠北喀尔喀蒙古、青海蒙古、套西蒙古,以及科布多和新疆诸部蒙古(这些地区的蒙古统称为外札萨克)的划界、封爵、编旗、盟会、简军、邮驿、互市,还对蒙古和西藏等地的喇嘛发放度牒、监典活佛转世和行施赏罚;一些内属游牧部落,像察哈尔、巴尔虎、额鲁特、扎哈沁、明阿特、乌梁海、达木蒙古、哈萨克、锡伯等官员的检选引见,也归其统理。柔远司掌外札萨克喇嘛禄廪、朝贡之事。徕远司掌哈密、吐鲁番札萨克政令,新疆回部、四川金川土司年班、内附布鲁特诸部给衔、马税,以及霍罕、博罗尔、巴达克山、塔什罕、爱乌罕的职员。理刑司掌管外藩各部刑罚;制订律例条规。此外,又设内馆、外馆,分别接待内外札萨克年班来京人员;置俄罗斯馆,安顿沙俄商人、传教士和留学生;还有咸安宫蒙古学、唐古特学、托成学等。