历史学家林孟熹这样评论他：“整个20世纪大概没有一个美国人像司徒雷登博士那样，曾长期而全面地卷入到中国的政治、文化、教育各个领域，并且产生过难以估量的影响。”

1918年，北京有两所教会大学决定合并：一所是汇文大学，一所是协和大学。这两所私立大学在1900年的义和团事件后试图合并，却因内在矛盾太多，多次协商未果。直到1918年才达成妥协，决定选聘一位与原来两校都没有关系的人担任校长。此时司徒雷登在南京神学院执教多年，成绩卓著，是美国教会公认的深切了解中国、在华传教人士中对中国青年最有影响力、才华与素养出众、思想开朗的人物，再加上他出生在中国，中、英文运用自如，理所当然地成为新校长的最佳人选，但几乎所有朋友都劝他婉拒，不必去收拾烂摊子。他最终勇敢地接受了这个挑战。1919年元月，司徒雷登北上，会见即将合并的两校有关人士，经多方斡旋，成立了由蔡元培等五人组成的校名委员会，最后采纳了诚静怡博士的建议，以“燕京大学”为校名，同时也解决了其他矛盾。司徒雷登正式出任燕京大学第一任校长。

由于毛写的一篇《别了，司徒雷登》（《Farewell Leighton Stuart》）的文章而使他在中国非常有名，但是在他的祖国美国却是默默无闻。