第四十一话：ゆれる世界
脱离了大气圈的草剃号和大天使号准备前往位于L4的废弃了的殖民卫星群。
在PLANT，帕特利克·萨拉的肃正行动仍在继续；而拉克丝一派也针锋相对地在地下持续进行着反战宣传。一直追求以和平方式来解决争端的前最高评议会议长西格尔·克莱恩在肃正行动中被射杀。
芙蕾与克鲁泽和伊扎克一起返回PLANT。
联合军在夺回了维多利亚基地的质量加速机之后，为追击大天使号而向宇宙发进。
卡嘉莉向吉良告知了两人的同胞关系；阿斯兰想回到PLANT，再次与父亲好好谈一谈。
另一方面，娜塔尔前往月面基地就任大天使级二号舰主天使号（Dominion）的舰长，军衔也晋升为少校。
第四十二话：ラクス出撃
阿斯兰前往ZAFT的宇宙要塞“雅金·杜埃”与父亲见面，但帕特利克·萨拉“这场战争的目的就是为了灭绝自然人”的回答让阿斯兰彻底死了心。为了从阿斯兰那里获取自由高达与正义高达的所在，帕特利克将阿斯兰拘禁起来；得知消息的拉克丝等人立即开始行动起来。
将脱出的阿斯兰收容的，是以拉克丝为指挥官的ZAFT军的新造战舰“永恒”，而舰长正是安德鲁·巴特菲尔德。向宇宙要塞“雅金·杜埃”发进的“永恒”号遭到了ZAFT军追击队的攻击。危急时刻，驾驶自由高达的吉良出现，解救了“永恒”号。
草剃号、大天使号和永恒号在L4的殖民卫星“门德尔”会合了。安迪、拉克丝、阿斯兰这些“克莱恩派”的人，也与大天使号的众人再度见面。
第四十三话：立ちはだかるもの
得到ZAFT军正在向大天使号驻留的L4殖民卫星群发进的消息后，蓝色波斯菊的总帅穆尔塔·阿兹拉艾尔带着三架高达来到主天使号上，准备抢先一步对大天使号发动攻击。
另一方面，正在追击永恒号途中的克鲁泽，似乎对门德尔这个地方十分的熟悉。
主天使号对大天使号、永恒号及草剃号所在的门德尔发动了突袭。除了未完成最终调试的永恒号之外，大天使号和草剃号先后出动迎战。
双方交战之前，娜塔尔向大天使号表明了自己的身份，劝众人投降并表示愿意在军事法庭上作证；但被玛琉婉言谢绝。
在娜塔尔的出色指挥下，大天使号被打得毫无还手之力，草剃号也被牵制住无法行动。
克鲁泽队于此时赶到。看着正在交战的双方，克鲁泽决定带着伊扎克秘密潜入门德尔。感应到克鲁泽的存在的穆也和迪亚克回到了殖民卫星。
前去帮助大天使号的吉良，自己也陷入了极其严重的境地。
第四十四话：螺旋の邂逅
危急时刻，吉良和阿斯兰先后爆发了种能力，将不利局面扳了过来；克罗特等三人被打得一败涂地，机体能量逐渐见底；与此同时，草剃号也摆脱了牵制，前来协助大天使号。见势不妙的娜塔尔当机立断，下令撤退。
另一方面，穆和迪亚克在殖民卫星内部遇上了秘密潜入的克鲁泽和伊扎克，四人捉对展开了激烈的MS战。得知驾驶暴风高达的对方正是迪亚克的伊扎克大吃一惊，而迪亚克也要求和伊扎克谈一谈。
发觉穆和迪亚克仍未归来的吉良也前往殖民卫星内部，正好救下了被克鲁泽击伤的穆。在克鲁泽的有意带领下，穆和吉良来到了研究所内部。在研究所里，克鲁泽不仅说出这里就是吉良的出生地，而且还透露出一个惊天的秘密……
第四十五话：开く扉
在殖民卫星门德尔的研究所内部，穆和吉良两人因克鲁泽说出的冲击性的事实而受到极大的震撼：原来吉良是双胞胎中唯一被进行遗传基因操作而在人工子宫里成功出生的新人类；而克鲁泽竟然是穆的父亲——阿尔塔·弗拉格的克隆体；克鲁泽的最终目的，则是终结这个充斥着欲望的世界。
穆和吉良留在了研究所里；克鲁泽则返回了威萨利乌斯号上。
克罗特等三人恢复过来后，主天使号再度对大天使号发动了攻击；而强袭、暴风和自由三架高达均未返回的大天使号，只得由正义高达独自应战。
另一方面，返回到威萨利乌斯号上的克鲁泽，将“打开门的钥匙”托付给了芙蕾之后，开始向大天使号发动攻击。
脱离了大气圈的草剃号和大天使号准备前往位于L4的废弃了的殖民卫星群。
在PLANT，帕特利克·萨拉的肃正行动仍在继续；而拉克丝一派也针锋相对地在地下持续进行着反战宣传。一直追求以和平方式来解决争端的前最高评议会议长西格尔·克莱恩在肃正行动中被射杀。
芙蕾与克鲁泽和伊扎克一起返回PLANT。
联合军在夺回了维多利亚基地的质量加速机之后，为追击大天使号而向宇宙发进。
卡嘉莉向吉良告知了两人的同胞关系；阿斯兰想回到PLANT，再次与父亲好好谈一谈。
另一方面，娜塔尔前往月面基地就任大天使级二号舰主天使号（Dominion）的舰长，军衔也晋升为少校。
第四十二话：ラクス出撃
阿斯兰前往ZAFT的宇宙要塞“雅金·杜埃”与父亲见面，但帕特利克·萨拉“这场战争的目的就是为了灭绝自然人”的回答让阿斯兰彻底死了心。为了从阿斯兰那里获取自由高达与正义高达的所在，帕特利克将阿斯兰拘禁起来；得知消息的拉克丝等人立即开始行动起来。
将脱出的阿斯兰收容的，是以拉克丝为指挥官的ZAFT军的新造战舰“永恒”，而舰长正是安德鲁·巴特菲尔德。向宇宙要塞“雅金·杜埃”发进的“永恒”号遭到了ZAFT军追击队的攻击。危急时刻，驾驶自由高达的吉良出现，解救了“永恒”号。
草剃号、大天使号和永恒号在L4的殖民卫星“门德尔”会合了。安迪、拉克丝、阿斯兰这些“克莱恩派”的人，也与大天使号的众人再度见面。
第四十三话：立ちはだかるもの
得到ZAFT军正在向大天使号驻留的L4殖民卫星群发进的消息后，蓝色波斯菊的总帅穆尔塔·阿兹拉艾尔带着三架高达来到主天使号上，准备抢先一步对大天使号发动攻击。
另一方面，正在追击永恒号途中的克鲁泽，似乎对门德尔这个地方十分的熟悉。
主天使号对大天使号、永恒号及草剃号所在的门德尔发动了突袭。除了未完成最终调试的永恒号之外，大天使号和草剃号先后出动迎战。
双方交战之前，娜塔尔向大天使号表明了自己的身份，劝众人投降并表示愿意在军事法庭上作证；但被玛琉婉言谢绝。
在娜塔尔的出色指挥下，大天使号被打得毫无还手之力，草剃号也被牵制住无法行动。
克鲁泽队于此时赶到。看着正在交战的双方，克鲁泽决定带着伊扎克秘密潜入门德尔。感应到克鲁泽的存在的穆也和迪亚克回到了殖民卫星。
前去帮助大天使号的吉良，自己也陷入了极其严重的境地。
第四十四话：螺旋の邂逅
危急时刻，吉良和阿斯兰先后爆发了种能力，将不利局面扳了过来；克罗特等三人被打得一败涂地，机体能量逐渐见底；与此同时，草剃号也摆脱了牵制，前来协助大天使号。见势不妙的娜塔尔当机立断，下令撤退。
另一方面，穆和迪亚克在殖民卫星内部遇上了秘密潜入的克鲁泽和伊扎克，四人捉对展开了激烈的MS战。得知驾驶暴风高达的对方正是迪亚克的伊扎克大吃一惊，而迪亚克也要求和伊扎克谈一谈。
发觉穆和迪亚克仍未归来的吉良也前往殖民卫星内部，正好救下了被克鲁泽击伤的穆。在克鲁泽的有意带领下，穆和吉良来到了研究所内部。在研究所里，克鲁泽不仅说出这里就是吉良的出生地，而且还透露出一个惊天的秘密……
第四十五话：开く扉
在殖民卫星门德尔的研究所内部，穆和吉良两人因克鲁泽说出的冲击性的事实而受到极大的震撼：原来吉良是双胞胎中唯一被进行遗传基因操作而在人工子宫里成功出生的新人类；而克鲁泽竟然是穆的父亲——阿尔塔·弗拉格的克隆体；克鲁泽的最终目的，则是终结这个充斥着欲望的世界。
穆和吉良留在了研究所里；克鲁泽则返回了威萨利乌斯号上。
克罗特等三人恢复过来后，主天使号再度对大天使号发动了攻击；而强袭、暴风和自由三架高达均未返回的大天使号，只得由正义高达独自应战。
另一方面，返回到威萨利乌斯号上的克鲁泽，将“打开门的钥匙”托付给了芙蕾之后，开始向大天使号发动攻击。
