不周山带来的紊乱冲击撞开太古铜门,窥伺人间界已久的妖魔借机大举冲出。妖魔界的统治者——幽天魔帝,率领手下五方八部六天妖魔,利用“人”在女娲制造时元气分配不均而在心中产生的劣根性,将他们引入魔道,成为自己的部属,迅速扩大势力,试图击败和自己同时出现的“神”,取代后者的地位。
这时,大荒之中,华胥氏之子伏羲应完三十六天罡,七十二地煞之劫数,飞升登天,成为天帝,四方诸神归于其统治之下。面对妖魔的咄咄进逼,天帝率领诸方仙神,同幽天魔帝进行决定天地命运的一战。决战结果,仙神虽死伤无数,但仍大败幽天魔帝,五方八部六天妖魔损失殆尽,魔帝被迫率众退回妖魔界,第一次神魔之战以妖魔的失败宣告结束。
神魔之战后,天帝合众神之力,重新关闭太古铜门,并在其上加注十三道黄土封印,以增厚地气,加强“天元地极锁”功效。此外,天帝更派土神后土永世坐守太古铜门,防止妖魔的再度侵入。同时,天帝在九天之上用巨大法力建起天宫,为诸仙神居所,作为人间界大荒的庇护者和统治者,仙界正式形成。
神魔之战也给大荒之地带来了巨大的影响。人类了解到自己身体内原来蕴涵有惊人的潜力,于是一些人开始进行修行,试图象伏羲一样,飞升成仙。道术仙法的修行激发出他们体内的天地元气之力,让他们拥有如同仙神般飞天遁地,负海担山的能力。另一方面,妖魔也打开了人心中邪恶的匣子,种种以前不曾有过的劣根性都显露了出来。权谋,诡计,奸诈,自私,邪恶的心性让许多修行之人走火入魔,堕入魔道成了妖魔,也让大荒之上充满了争斗和杀戮,原来的乐土不复存在。妖魔退去之后不足百年,人间界立刻爆发大乱。
神农部族炎帝姜榆罔,天生火灵之身,拥有随心所欲控制火焰和热量的能力;有熊部族黄帝姬轩辕,是剑仙广成子的门人,曾跟广成子一起畅游天下,学道练剑,实力非凡。两人皆具雄才大略,有一统大荒的雄心,在逐渐吞并周围的小部落,扩大势力之后,神农部族和有熊部族终于不可避免地开始正面冲突。两族实力相当,互相攻伐多次,都没有结果,于是两人不约而同向仙界众神求助。适逢天帝为了苦思对付妖魔之策,闭关未理政事,素来不服天帝的火神祝融竟然违犯天帝不准参与凡间争斗的禁令,将自己的离火神兵借给了炎帝。而因共工之败,对祝融早有不满的雷神雨师也借此机会,采首山之铜,为黄帝铸就了天下第一神兵——轩辕剑,剑身一面刻日月星辰,一面刻山川草木。剑柄一面书农耕畜养之术,一面书四海一统之策,乃是一统天下之用的王道之剑。
得到神兵的两人率领军队,在阪泉展开决战。炎黄二帝在九天之上,以神兵进行惊天动地的对决,最终王道之剑胜过了五金之精,离火神兵断为两截,散于人间,消失无踪。而炎帝军则大败,被黄帝赶到南方偏远的九黎之地,苟延残喘,姬轩辕成为了人间界中原大荒的统治者。
炎黄之战虽以黄帝之胜宣告结束,但带来的祸害却远未有人能够预料。离火神兵与轩辕剑的对决,带来巨大能量冲击,不仅对人间界造成巨大损害,毁灭了地上无数人的家园,而且在西蜀之地,巴山之上劈开一个巨大裂口。被称为“万魔渊”的裂口因天地元气异变而成为连接妖魔界的通路。借由此处,妖魔不需要通过太古铜门就可以来往于人间妖魔两界,一时间,妖魔又大有蠢蠢欲动之势。黄帝之师广成子见万魔渊魔气冲天,不忍人间生灵涂炭,于是舍全身法力,将自己肉身和佩剑化为锁妖塔,沉入万魔渊中,封住了裂口。更命自己弟子后人在巴山上建起名为弈剑听雨阁的剑派,永远镇守万魔渊。
万魔渊虽被广成子以牺牲自己的方式所封印,但因充斥其间的天地元气太过杂乱,仙界已无法将其修补。修炼出关的天帝对此结果大为震怒,将祝融打下人间界,经七世轮回,才可重回仙界,并下令关闭人间界与仙界的通路,严禁众仙神与人随意进行接触,从此人神完全隔绝。然而世间的动乱还并未走到终结之地。