第一季：一个寒冷雪夜，幼小的黑主优姬意外遇上一名吸血鬼。在这个吸血鬼向优姬露出獠牙的生死时刻，一个名叫玖兰枢的纯血种救了她，并将她带到黑主学园请求理事长黑主灰阎）收留。黑主学园除了一般学生就读的日间部外，还有为了吸血鬼与人类能够和谐相处的，由理事长与玖兰枢合作创办的夜间部。在夜间部就读的学生都是十分俊美优秀的人物。不过这里却隐藏着不为日间部学生所知的秘密－－夜间部的学生全都是吸血鬼。十年后，为了维持学院安宁，优姬和同样被院长收留的锥生零一起担任学园的“风纪委员”，守护着这个秘密。而最受人尊敬的，也是优姬非常倾慕的玖兰枢，更是被称为“吸血鬼中的吸血鬼”的纯血种吸血鬼一族中玖兰家族的始祖，是站在吸血鬼金字塔端的最高种族之一。如果被纯血种咬过，就会变为LEVEL D(曾经是人的吸血鬼,在经过一段时间就会因为无法承受吸血鬼的力量变成LEVEL E)。而锥生零作为吸血鬼猎人，却在一次家难中不幸被纯血种的绯樱闲咬伤。绯樱闲杀死了零的家人，带走了他的弟弟锥生一缕，零非常憎恨吸血鬼（特别是纯血种）。优姬为抑制零的继续堕落，多次让他吸自己的血。 　　第二季：因为曾经身为纯血种的优姬曾被树里（优姬的母亲，纯血种）封印了五岁之前的记忆和吸血鬼的因子而饱受记忆碎片的煎熬，为了不让她成为玖兰李士的食物，而且造成伤害。枢用自己的血唤醒了她。优姬也因为自己是玖兰家族的纯血公主，从此便是零的敌人。为了得到纯血公主优姬的血，玖兰李士（优姬的伯父）复活了。因为零多次吸食了枢和优姬的血，所以获得了强大的力量，足以对抗李士，而且不受吸血鬼一族中最基本的规则的限制——不可违背纯血种的命令，更不可以对纯血种出手。零打败了李土，而枢之所以让零活下来，是为了让他保护优姬。他计划着利用零杀死李士，这样就不会威胁到优姬，也可以让自己不去亲手解决玖兰李士，因为玖兰李士是将自己从棺材沉睡中唤醒的人，从另一方面来讲，李土是枢的主人，所以枢无法将其杀死。优姬恢复了纯种吸血鬼的身份后，也成为与零对立的关系。她同枢回到了他们的家。零也发誓再遇见优姬会亲手杀死她。而后来作为枢未婚妻的优姬（为了将纯血统的血统保存下来玖兰家一直是近亲结婚）决定重新建立黑主学院夜间部，而白蕗更也开始了她的阴谋。


18世纪欧洲以制作人偶与炼金术为业的人日益增多，他们的出现给上层社会的消遣带来了更多的方式，1743年法国巴黎在上层社会的一次聚会中出现了神秘的人偶师，有人说他通过炼金术得到了不死之身，已经活了3000多年，由于能制作出优秀的人偶，他在欧洲各地变的有名起来，见过他的人都叫他——罗真（Rozen），但没有人知道他究竟来自哪里，没有人知道他为什么只穿黑色或者白色的衣服，也没有人知道他为什么不在公共场合进餐。有人宣称他经常在不同的城市出现，人们所能见到的就是他总是拎着一个木箱，而且他总是对着木箱里的人偶说：“再 等一会吧，我的女儿！我一定要给予你们完整的生命，不管花上几百几千年！” 　　18世纪末，人偶师们都开始从事制作拥有生命的人偶，但都失败了，此时神秘人偶师——罗真再次出现。有人说他通过炼金术炼成了一种名叫Rosa mystica（蔷薇圣母/蔷薇之魂）的神秘物质，而这种物质正是人偶的生命之源，和别的人偶师一样，罗真为了制造出自己心中完美无瑕的少女“Alice”，制造了七个名为蔷薇少女的美丽人偶。 　　通过蔷薇圣母，她们能够自由走动、拥有自己的意识。不同的人偶有不同的能力，而且她们能与人们缔结契约，从人类那里得到力量。 　　七个具有生命的人偶，七个美丽夺目的少女，她们已经超越人偶的存在，拥有不变的容颜，强大的力量。但却没有一个是父亲心里最完美的爱丽丝。痛苦的罗真消声匿迹，留下的蔷薇少女们。为了见到父亲，为了得到父亲的爱，她们坚信只要将姐妹体内的蔷薇圣母聚集到一起，便可以进化成为爱丽丝。罗真制造的七个蔷薇少女的传说，最终演变成一场她们自相残杀的战斗，但是这场战斗有个美丽的名字——Alice Game。就这样作为唯一的梦想，唯一活着的理由，她们不断觉醒又不断沉睡，在N之领域中不断寻找姐妹战斗，与不同人缔结契约。就因为这个原因，我们的男女主角相遇了。 　　樱田纯，是一名不愿上学而长期不出家门的中学生，热衷于上网购物，喜欢在购买物品后的退货限期内退回物品。有一天收到一封自称是人工精灵崛江的来信，上面只写一个「上发条还是不上发条」的选项，在好奇心驱使下选择了「上发条」，之后房间就出现了一个没有署名的神秘皮箱，里面装着一个非常美丽而且质感近似真人的少女人偶（即蔷薇少女）使用木箱内的发条转动背部的开关后，人偶像有生命般的活动起来，对纯说：「我是真红，蔷薇少女第五人偶。」正在这时，突然了出现被神秘人操控的小熊布偶，纯在万般无奈下在不明白怎么回事的情况下糊里糊涂地成为了真红的媒介，结下了主仆关系。之后，一个结下类似契约的人类和人偶出现在纯和真红面前，称为Rozen Maiden（蔷薇少女） 的人偶们的战斗就此展开了……


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