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真名听后显得十分高兴。 　　夜里，真嗣想着近来发生的一切以及数天后的约会，一时间无法入眠。 　　约会当天，真嗣乘电车从第3新乐来到银铃，之后见到了身穿便装的真名。两人按照原计划踏上行程，开始了这愉快的一天。 　　坐在长椅上的时候，真嗣与真名的手握在了一起，两颗心似乎也贴近了许多。 　　不久前曾出现过的谜之移动物体终于被NERV捕获，通过美里和明日香的现场调查，发现此物并不是使徒，而是由人制造出来的人型兵器。另一方面，真嗣收到命令，立刻赶回总部待机。 　　在碇司令的命令下，同调率实验再度开始。心中颇有几分不满的真嗣来到了律子博士的研究室中。 　　见到了律子博士，可没想到她却决定暂时中止实验，一切等将那谜之物体回收后再行安排。 　　真嗣见以明日香并且得知驾驶谜之物体的人也是与自己相似的14岁少年。当听说那人正在战略自卫队的医院中治伤时，因为好奇心的驱使，真嗣便决定前去控望一番。 　　在医院、真嗣又遇见了真名。“他是我以前的朋友，圭太......”真名虽然这么说，但是真嗣却发觉她似乎在隐瞒什么。明日香先行离去，真嗣则与真名一起来到屋顶。 　　真嗣问真名与受伤的少年究竟有什么关系，这时加持出现，他叫两人以后不要再到这里来。 　　两人离开医院，在河岸边的草地上坐下。此时夕阳西下，真名与真嗣虽然心中有很多话想说，但一时却不知该如何表达。 　　真嗣的心乱极了，他不知究竟该相信谁，真名是否真是同谍的疑问令他坐卧难安。 　　在芦湖，NERV的行动并未停下。碇司令希望能将中外一架谜之兵器找出来，可惜时间慢慢过去，一切均未有进展。正当美里已有些不耐烦的时候，总部的命令传来，让她与真嗣等立刻返回。 　　回到本部后，美里和真嗣得知又是关于真名的事情。碇司令强行命令真啁交出真名送给他的那个项链，真嗣对此事愤怒异常。 　　真嗣的心被深深刺痛，美里则出言安慰。第二天，外面大雨倾盆，真名和明日香都没来上学。面对空空的座位，真嗣的心里很不是滋味。 　　吃饭时，美里来找真嗣，并建议他邀请真名晚上来家里吃饭。 　　晚上，真嗣接真名来到家中，但真名却显得有些沉默。美里亲自下厨作饭，于是真嗣、真名、明日香和绫波丽便不得不品尝这糟糕至极的一餐。吃饭时，真名对明日香说自己很爱真嗣，结果这顿饭便不欢而散。 　　从第二天起，真名便一直没有在学校出现。就这样，又是几天过去了…… 　　是夜，这人型兵器终于在芦湖中出现。自卫队前往阻截，战斗展开，可惜他们的炮火对那人型兵器似乎未能造成影响。NERV立刻派真嗣出击。 　　这天，学校放学时，真名突然出现在真嗣面前。她焦急地告诉真嗣不久前入院的那个受伤的少年现在已不知去向，真嗣听罢便与明日香以及绫波丽陪真砂一同前往自卫队医院调查。 　　众人来到ICU，果然见到病房中只剩下一张空床。正当此时，一名身穿黑色西装的男子向真嗣偷袭，大家惊慌中一起躲进了洗手间。 　　明日香利用手提电话与美里取得联系，美里立刻驾车来到医院门外接应。真嗣等人乔装打扮，混出了大厅。 　　众人坐上车，飞快的逃离医院。这时，穿黑西装的男子与他的同伙驾驶一辆黑色轿车从后追来，他们甚至开枪射击，情况危急万分。 　　美里暂时摆脱了追兵，打电话给律子希望得到她的帮助，谁知律子一听是与真名有关，便立刻将电话挂断了，美里无奈之下，决定强行闯入NERV总部。 　　在车上，真名终于说出自己的身份，原来她和另外两名少年都是军部一个武器开发计划的驾驶员。他们在军中受训时，经常受人欺负，终于有一天他们带同两部人型兵器踏上逃亡之旅。真名亦承认自己来这里的目的，是想探听EVA的秘密，可对真嗣的感情却是真诚的：“他们袭击我，是因为我背叛了他们.......我是被派来监视EVA初号机的驾驶员碇真嗣的军方的少年兵。目的是将搜集来的EVA的情报，提供给兵器开发部来改良机器人的性能......话虽如此，但我喜欢真嗣君这件事并没有说谎......而我、圭太和武藏三个人，从以前就一直是很好的朋友。在军中，我们三个都被选为机器人的测试员。可是那机器人的设计问题丛生，我的身体没多久就撑不住而住院了。武藏和圭太也是心力交瘁，又受不了军中的苛虐。有一次他们在我面前说‘驾驶那机器人逃走吧’，我还以为他们是在说笑，没想到他们却真的付诸行动了......” 　　车子疾驶向NERV的大门，可谁知前面的路居然已被战自封锁。站在最前面的竟是NERV的司令官、真嗣的父亲碇元渡。美里无法违抗上级的命令，只好听凭真名被人带走。而面对真嗣的哀呼，碇司令根本无动于衷。 　　晚上，真嗣与美里因为白天发生的事而心情极差。加持到来，他责怪美里竟对无辜的人被害而熟视无睹。 　　DISK 3谎言与真相的缝隙中 心灵上的裂痕 　　真嗣来到NERV总部在L-3的中央作战司令室见到父亲碇司令和冬月副司令，他们对真嗣的苦恼似乎并不在意。 　　来到L-1，沿C2通路进入庭园，在这儿又遇见加持，在加持的鼓励下，真嗣决定去寻找真名的下落。 　　真嗣、明日香、东治、剑介、光等五人来到真名的家，可惜在这里未能找到有用的线索，只看到一行巨大人型兵器的足迹，众人猜测这是真名的同伴之一留下的。