《口袋妖怪》2006年剧场版《苍海的王子》，此次把故事的舞台放在了浩瀚无边的蓝色大海中，2006年7月15日将公映。
　　在这世界上海洋某处，即将诞生一只谁都不知道的传说神奇宝贝。以广大的海洋为舞台，神奇宝贝史上最大的任务即将开始！在荒地迷路的小智一行人遇到了一位女性“广美”，以水中神奇宝贝表演而出名的码头巡回团明星。
　　广美是水之民的后裔，可以体会水系神奇宝贝的内心。小智等人便听广美诉说着水之民流传已久的传说。原来在海洋某处，水之民一族建造了“海之神殿-亚库夏”，里面供奉隐藏着珍宝“海之王冠”。
　　但目前据说谁也没看过这顶王冠的实体模样。这时，追寻着传说之谜的神奇宝贝援助员“杰克·渥克”(昵称杰奇)出现了。原来杰奇正执行一项机密任务，那就是要把苍海的王子——玛纳霏的蛋给安然送进神殿里。于是广美和小智等人也协助这项任务。忽然这时！出现了有“魅影”之称的海盗船长开来的大型潜水舰。原来魅影想要夺取王冠，借住王冠的神力来策划征服世界。但是要解开王冠隐藏的谜团，似乎还需要靠玛纳霏的蛋。这时连火箭队都想过来分一杯羹，造成了大混乱！
　　为了抵制魅影的阴谋，杰奇开始用捕获器借住许多神奇宝贝的力量，小智他们也拿出自己的神奇宝贝准备应战。但毕竟对方的高科技潜水舰威力太强，顿时陷入危机！神秘的蛋此时发出灿烂的光芒，玛纳霏终于诞生了！隐藏于王冠珍宝里的秘密是？而玛纳霏的神秘力量又是？最后杰奇和小智等人的任务究竟能不能圆满成功呢？！现在，准备朝向海之神殿-亚库夏，目睹这精采的冒险吧！