上座院
　　莲觉寺的主体称之为「上座院」，乃昔年东境小乘教史中的宝刹，由来已有数百年；院中大殿名曰「觉成阿罗汉殿」法性院、铜鍱院、优婆离阁……等僧众居住、修行之所皆环绕阿罗汉殿而建，名动天下的万斤钟楼也在此间。
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觉成阿罗汉殿
　　觉成阿罗汉殿是莲觉寺的主殿，挑高三层，雄伟壮阔，单论主殿规模，堪称是东海道第一。大殿居中供著一座巨大的弥勒坐像，咧开嘴笑的佛头几乎顶到横梁，坐佛背后则紧贴著青石砌墙，连接大殿后进的厢房院舍。
　　东海境内的神像都踞龙而坐，往往神佛身下的龙塑得比神像还大，乃因东境百姓拜的「龙王大明神」是昔日玉龙王朝的帝神化身，为掩央土统治者的耳目，无论什麼神只都塑成坐龙的模样，拜的是蟠龙座子而非神佛。普天之下，也只有东海一地有这样独特的风土。
　　但觉成阿罗汉殿弥勒大佛身下，却没有蟠龙莲座。不坐蟠龙的弥勒像，多半建於玉龙王朝前后，距今已近千年；而「觉成阿罗汉」这样的名字，更是出自於缘觉、声闻等小乘教团。若是由信奉大乘的央土僧团命名，该叫雷音或大雄宝殿之类才是。这弥勒像是小乘教团所建，距今已近千年，那时东海的佛门则是大日莲宗。
　　小乘僧团不拜佛像。迄今在南陵盛行的小乘缘觉乘僧团，只在神坛供奉日轮等信物。大乘经典里，弥勒被尊为八大菩萨之一，又称「阿逸多菩萨」；但在小乘经典之中，帝须弥勒以及阿逸多却是佛的两位弟子，为佛看守门户。换言之，这尊弥勒坐佛非是神像，而是建筑——更精确的说，应是某一建筑的门户，其所看守的建筑，就是大佛腹中的密室。
　　莲觉寺中，凡近千年的古建筑多半设有机关。巨大的弥勒腹中便藏有偌大的密室，密室较神坛为高，从密室觇孔往下瞧，几能看见坛前的蒲团香烛。那道横向的窥孔就藏在弥勒佛的胸腹间，就算开得再宽，底下的信众僧侣也看不见。
　　觉成阿罗汉殿两侧各有一宏伟偏殿，唤作「十方圆明」、「诸漏虚尽」三殿 呈「门」字形夹著广场

万斤钟楼
　　莲觉寺此钟声闻百里，震动三川，全东海仅此一座，别无其他。
　　每日清晨，卯时四刻一过便击钟，长鸣一百零八响，取众生有一百零八烦恼，以钟声唤醒百八三昧，欲离断烦恼之意。

香积厨
　　膳房。

十方转经堂
　　大日莲宗极盛之时，在东海各地留下无数奇巧奥妙的寺院建筑，如那既朴拙单调、却又繁复精巧的「十方转经堂」，便是天下知名的伟构。
　　由十间长方形的独立屋舍所组成的堂子，俯视如轮轴，每间屋舍仅有末端的边角相接，居中围成一个小小的正十边形呈放射状，每屋之外有三边围廊环绕，仔细一想，才发现长屋与长屋之间尽管有外围廊庑相连，实际上却是相邻而不相接，十屋共计四十面墙，竟无一面墙是由相邻的两屋所共有。
　　更奇的是：十间长屋的屋顶，均采用最复杂的九脊歇山式设计，重檐叠嶂、层层相因，最后竟垒出了八十个悬山面、共两百四十条屋脊，造型单纯、毫无花饰的斗拱一层叠一层，看来便似莲花海一般，陡地壮观雄伟起来，其繁复精巧令人瞠目。
十间精舍不共一墙，相邻而不相接，所用壁板木料又异常结实，连一丝声息也不漏，是天下间最适合密议的场所。
　　转经堂的中心，乃是一根巨大的心柱，须两人合围方能抱起；而心柱之上，如轮轴般接著十条横梁，四向发散，恰恰伸往「转经堂」的十间长屋。梁顶相通，十间长屋便像车轮里的轴辐一样，以这十边形的小小空间为轴心，向外发散出去，虽然无一面墙相与共，屋顶却是彼此相通。大柱子与十屋各自的欂柱（嵌在墙壁里的柱子）共同分担了屋顶的重量，才能稳稳支撑起层层相叠、如此庞大而繁复的九脊式结构。
　　但这天下间最适合密议的场所，恰恰防不了梁上君子。不管身在转经堂任一屋中，都听不到其他九间屋子里说什麼，在屋子外以耳贴壁，也难以听入三寸有余的木墙。只有在心柱这里，能清清楚楚听见十间房子里的动静，谁也提防不了。但安置心柱的十边形空间里积满了厚厚的灰尘，只怕自建成以来都不曾有人至此，况且出入无门，要当作密室使用委实也太过困难：「十间传声於一柱」的奇特现象，或许纯粹是无心所致。
　　转经堂乃莲觉寺中最僻静的角落之一，周遭别无其他建筑，除非法性院首座吩咐，否则无论僧俗都没有靠近此地的理由。

东之天间：由正面向右数来的第三间，显义招待五大浦商。
上之天间：由正面向右数来的第一间，显义贿赂迟凤钧。
南之天间：位在另一头，显义与雷门鹤密会、耿照与明栈雪练功之所。