1935年，塞克特返德，推荐法肯豪森继任总顾问，对塞克特信任有加的蒋介石当即表示接受。从此，法肯豪森积极参与中国的最高机密筹划与各项战争准备工作，并长达四年之久。
　　法肯豪森接任总顾问时，红军正要抵达陕北。按当时的预测，彻底消灭红军被认为只是时间上的问题，同时中日战争也渐渐演变成为不可避免的局面。此时，他的工作主要是：1，迅速组织可以作战的机动部队。2，尽可能保全长江以南地区（江防和东南沿海的海防列为首要任务）。3，发展自给自足的军火工业。



1938年6月9日上午8时，随着几声巨响，滚滚黄河水夺堤而出。顿时，上百万人死于洪水，五百万人流亡他乡……
　　当时，沿陇海线积极西进的日军只得转向南京、安庆，沿江而上以攻武汉。而早已布防在长江两岸的中国军队，则逐次进行抵抗。直到1938年10月下旬，日军比原计划推迟了3个多月才攻占武汉。据敌方的报道：“黄水南流入淮，不仅对于华北战局发生重大影响，将来华中战局，亦将受其影响。”
　　蒋介石实施以水代兵的计划后，密令程潜对外宣传为“敌机炸毁黄河堤”。但抗战胜利不久，蒋介石的这一不光彩的“抗敌”手段即大白于天下，以致其至今仍遭到历史的谴责。
　　其实，建议黄河决口的是一个德国人，他就是法肯豪森。1935年7月法肯豪森奉命起草绝密的《关于应付时局对策之建议书》，为将来的中日战争构思战略框架。他先开门见山地将中日矛盾摆在头等重要的位置上。接着，婉转地批评了蒋介石对日本的“不抵抗”政策，认为领袖如无抵抗的意志，会影响人民**的决心。法肯豪森预测未来的中日战争：一旦发生军事冲突，华北即面临直接的危险。若中方不战而放弃，则纵贯南北的平汉、津浦铁路和连接的陇海铁路及沿线的重要城市开封、洛阳皆面临直接危险，黄河防线有被敌从山东突破进而席卷而下的可能。



　在海上，敌进入的路线有三：上海、乍浦和镇海，该三处俱在长江流域。敌如沿长江而上，迅速占领中国最重要的中心点武汉，将中国一分为二，切断国民政府西退重庆之水路，抗战大局将无法收拾。因此，“东部有两事极关重要，一是封锁长江，一是警卫南京，两者有密切之连带关系。屡闻长江不能守之议，窃未敢赞同。”必须在上海、南京等地作坚决抵抗，迟滞敌军沿长江直达武汉。
　　如此，敌军必欲打通平汉线，由郑州直达武汉，故最初抵抗区务必向北推进，“以沧州、保定之线宜绝对防御。”万一敌军打到开封、郑州之时，法肯豪森建议：“最后战线为黄河，宜作有计划之人工泛滥，增厚其防御力。”蒋介石在旁边批示：“最后抵抗线”，表示赞同法肯豪森的建议。