1、肠道细菌感染性疾病，如慢性细菌性痢疾、溃疡型肠结核、沙门氏菌感染、肠道菌群失调等细菌感染都会引起慢性肠炎的发生。
　　2、慢性腹泻，如慢性萎缩性胃炎、胃癌晚期、胃空肠吻合术后如果调养不合理也会引起疾病慢性肠炎。
　　3、非细菌性炎症，如克降氏病、慢性非特异性溃疡性肠炎、结肠憩室炎、结肠息肉并发结肠炎等。
　　4、肠寄生虫病，如慢性阿米巴痢疾、慢性血吸虫病、肠鞭毛虫病、结肠小袋纤毛虫病、肠道蠕虫病等。