官署
中书省
尚书省
内侍省
御史台
宣政院：始於太宗一朝，专责管理佛教相关事务。
南陵臣服后，段思宗上奏朝廷，极言小乘於南陵诸国行之有年，教团组织发展成熟，不宜以央土大乘的宗法、因俗度之，乞设一中立机构管辖，如接待诸国使节的客省，负责安排南陵教团的朝觐、交流等，而不涉教团内部诸务。
其时太宗大力推行释教，看完段思宗的摺子，不但准了宣政院的设置，更分扩为管理央土教团的「枢院」与南陵教团的「南院」，正二品的宣院总制之下，另有两院院使、同知、副使等官员，说是「专管天下僧尼的中书省」亦不为过。
宣政院不预教团宗法，乃是孝明朝以来的定制。东海无有有教团，各寺住持名义上由朝廷指派，可宣政院里的都是官，是进士出身的读书人，把住持之位当作世俗功名，可荫可补，但看如何周旋。大抵上做得新住持的，十有八九是寺中掌权之辈，钱帛在手，利於敬谢打点，居然也维持「一寺相承」的传统，师殁徒继，次序井然。
现任总制赵希声今年告老后，宣政院总制一职将由僧人出任，院使的官秩改为从一品，与中书省、尚书省、御史台等并列。
吏部
督作院
军器监：官派作坊。
神械局：官派作坊。
司设监
宗正寺：掌理皇室事务。
镇东将军府：东海道实际最高行政及军事机关，位於靖波府。
臬台司衙门：各道名义上最高行政机构，除央土道外，遭四镇将军府架空。
东海护军府：东海道名义上最高军事机关，主管兵政，遭镇东将军府架空。
东海道行司礼台：朝廷派在东海的司礼机构，负责统筹天子东巡祭天诸事宜，别名「埋皇剑冢」。
镇南将军府：无有兵权，说是对南陵道开府建牙，其实更像使馆。