有人认为共济会起源于参加建造古巴比伦巴别塔的石工职人工会；但另一种说法是，共济会起源于建造所罗门的耶路撒冷神殿的石匠们。[2]古代共济会是一个保持着并不对外公开的建筑技艺的石匠行业协会，因此也是一个秘密组织。关于它的起源目前并没有确定的说法。有文字记载的最早记录约为1390年[3]。有证据显示在苏格兰最早出现会所的时间是16世纪末期[4]。根据其正式文献《共济会宪章》（传说1701年写成，于1723年正式出版）第一部《历史篇》的解释，共济会起源于公元前4000年，这一年被共济会称为光明之年（Anno Lucis）或光明元1年，他们自称是该隐的后裔，通晓天文地理及宇宙的奥秘。
现代共济会正式出现的最早记载是在1717年的英国。1716年之前，伦敦的四个酒馆中聚集着贵族和高级神职人员，举办高级俱乐部聚会，内容是社交活动、娱乐和饮食，这些人是现代共济会的真正创立者。1717年6月24日圣约翰日，四个会所（英语：Lodge）的共济会会员联合成立了第一个总会所（英语：Grand Lodge），会员投票选出安松·塞亚为第一代总导师（英语：Grand Master），这一天也就是现代共济会运动的开端。而这一时期也正值传奇的蔷薇十字运动的影响消退之际，现代共济会摆脱了古老秘密组织的性质，成为思想性的石工、亦即投身社会改革的政治团体。
初期现代共济会在英格兰和苏格兰约有700名会员。在启蒙运动出现到50年时间里迅速扩散到西欧、中欧和北美洲，建立起可以和基督教会匹敌的巨大组织。在隐蔽了将近1300年之后，天主教会再次面临强大的挑战，这令教廷十分恐惧。1738年，天主教教宗克勉十二世命令禁止天主教基督徒加入共济会，违反者将被教会开除（共济会允许天主教徒入会），在18世纪后半叶教廷一直致力于打压共济会，至今双方的关系仍不怎么样。
共济会在1730年代出现在北美英国殖民地。美国**后，每个州都成立了自己的总会所。一度有人希望成立以乔治·华盛顿为首任总导师的全美总会所，但没有成功
