注： 　　1、带“★”与加粗文字表示1小时以上的特别篇，带“◆”表示动画原创，即漫画原作中没有的，B：出现黑衣组织，F：出现FBI，C：出现CIA，S：出现工藤新一，X：出现服部平次，K：出现怪盗基德。 　　2、电视上播放的动画顺序与DVD版的收录顺序并不一致，该列表以电视上的播放顺序为准。

1999年（129－173）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件★B
130 竞技场一视同仁胁迫事件（前篇）
131 竞技场一视同仁胁迫事件（后篇）
132 魔术爱好者杀人事件（事件篇）K
133 魔术爱好者杀人事件（疑惑篇）K
134 魔术爱好者杀人事件（解决篇）K
135 消失的凶器搜索事件◆
136 蓝色古堡探索事件（前篇）
137 蓝色古堡探索事件（后篇）
138 最终播映杀人事件（前篇）
139 最终播映杀人事件（后篇）
140 SOS！步美传达的讯息◆
141 结婚前夕密室事件（前篇）X
142 结婚前夕密室事件（后篇）X
143 疑惑的天体观测◆
144 上野出发的北斗星3号（前篇）
145 上野出发的北斗星3号（后篇）
146 总局**恋爱物语（前篇）
147 总局**恋爱物语（后篇）
148 路上电车紧急刹车事件◆
149 游乐园高空弹跳事件◆
150 汽车爆炸事件的真相（前篇）◆
151 汽车爆炸事件的真相（后篇）◆
152 神秘老人失踪事件◆
153 园子危险的夏日物语（前篇）
154 园子危险的夏日物语（后篇）
155 水中钥匙密室事件◆
156 总局**恋爱物语2（前篇）
157 总局**恋爱物语2（后篇）
158 沉默的环状线◆
159 诡异的五重塔传说（前篇）◆
160 诡异的五重塔传说（后篇）◆
161 流经流水亭的杀机◆
162 飞天密室 工藤新一最初的事件★S
163 月亮、星星与太阳的秘密（前篇）
164 月亮、星星与太阳的秘密（后篇）
165 少年侦探队消失事件◆
166 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事件篇）X
167 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（疑惑篇）X
168 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（解决篇）X
169 维纳斯之吻◆
170 黑暗中的死角（前篇）
171 黑暗中的死角（后篇）
172 复活的死亡讯息（前篇）
173 复活的死亡讯息（后篇）