可能要出乎大多数人的意料之外，目前中国水利面临的最主要问题竟不是洪涝灾害，而是水资源紧缺。近些年发生的严重洪涝灾害，包括次生灾害，在某种程度上，也是水资源紧缺造成的。（因为水资源紧缺，一些地方长年没有大的洪水来临，于是就放松了防洪排涝标准，在原来的河道里和分洪区建立起永久性的住宅，甚至是工厂，当洪水来临，便造成严重的损失。）
水资源紧缺的表现十分明显。大量的冰川消失、雪线升高，导致大江大河的源头来水减少，加上工业化和城市化带来的用水量剧增，使得不少河流断流，像黄河这样的北方大河，几乎每年都要断流，据统计，在全国668个城市中，有近400个城市用水紧张，300多个城市严重缺水。由于缺水，各地对地下水严重超强开采，全国大型降落漏斗已达56个，②总面积在8.5×104平方公里③。在缺水城市中，不仅有传统干旱地区的城市，就是位于黄河边上的郑州和长江边上的杭州居然也名列其中。
水资源紧缺成为当前最重要的问题，意味着延续数千年之久的中国的水利战略要发生根本性的变化。自从传说中的大禹治水时期开始，迄今为止，中国水利的主要工作是防洪，当然也有抗旱、水土保持等方面的内容，但只是一小部分，最主要的是防洪。而今天，面临水资源紧缺的新形势，中国水利最主要的工作是涵养和获取水资源，防洪抗涝工作应在涵养水资源的战略目标下规划，这是一个根本性的转变。
需要强调的是，水资源紧缺，不是中国独有的现象，而是全球性的普遍问题，据联合国统计：世界上有31个国家正面临严重的缺水问题，到2025年，全世界将增加26亿人口，其中2/3将在缺水的环境中生活，而1/3将在极为严重的缺水环境中生活。全世界对水的需求量届时将超过可供水总量的56%④。有些国外的学者甚至提出了“水资源战争”的概念，认为人类将出现大规模的为争夺水资源而进行的战争⑤。