1864 同治三年 7月,清军攻陷天京,太平天国失败。9月,梵帝冈天主教廷指定中国蒙古地区为比利时“圣母圣心会”传教区域。10月,中俄签订《勘分西北界约记》。
1865 同治四年 土默特左旗“老头会”首领那木萨贲等再次被捕,反抗斗争失败。
1866 同治五年 伊克昭盟鄂托克旗爆发“独贵龙”反王公斗争。
1867 同治六年 11月,白凌河、弥勒僧格再次在建昌、朝阳一带发动武装起义。
1868 同治七年 2月,白凌河被清军逮捕杀害。
1869 同治八年 1月,弥勒僧格被清军逮捕杀害,东北各族人民大起义失败。4月,中俄《改订陆路通商章程》签订。8月,西北回民起义军攻入阿拉善旗、伊克昭盟境内。
1870 同治九年 初,土默特右旗“八枝箭”反抗斗争首领常明被捕。4月,回民起义军进入外蒙古三音诺颜、土谢图汗部地区。11月,回民起义军攻破乌里雅苏台。
1871 同治十年 7月,俄国侵略军强占伊犁。
1872 同治十一年 夏,回民起义军进入乌兰察布盟,威胁归绥、多伦诺尔。11月,回民起义军围攻科布多三昼夜。
1873 同治十二年 春,入侵伊犁等地俄军勒索、抢掠蒙古等各族人民。
1877 光绪三年 清====升昌图厅为昌图府,陆续设奉化、怀德、康平县及辽源州,管辖原科尔沁左翼三旗境内汉民垦区。
1880 光绪六年 张之洞奏陈《详筹边计折》。
1881 光绪七年 2月,中俄签订《伊犁条约》,再次改订《陆路通商章程》。6月,清====