①2006年漫画连载
1/4 FILE. 551 钉和蛇
1/18 FILE. 552 铁锤的真面目
1/25 FILE. 553 不可思议的打工
2/1 FILE. 554 晚餐的菜单
2/8 FILE. 555 梦想的明星
2/15 FILE. 556 侦探团的雪人
2/22 FILE. 557 滚落的轨迹
3/1 FILE. 558 悲惨的雪山
3/8 停载
3/15 FILE. 559 吃人的房间
3/22 FILE. 560 虚幻的尸体
3/29 FILE. 561 血迹的秘密
4/5 FILE. 562 关东的高中生侦探
4/12 FILE. 563 侦探甲子园
4/19 FILE. 564 密室证明
4/26 FILE. 565 侦探们的名推理
5/10 FILE. 566 热血侦探
5/17 FILE. 567 元太的射门
5/24 FILE. 568 元太和L
5/31 FILE. 569 淘气大王
6/7 FILE. 570 月下
6/14 停载
6/21 FILE. 571 黎明
6/28 FILE. 572 白昼
7/5 FILE. 573 落日
7/12 FILE. 574 秘密的妃英理
7/19 FILE. 575 秘密的妃英理②
7/26 FILE. 576 结婚戒指 !?
8/2 FILE. 577 结婚戒指 !?②
8/9 FILE. 578 结婚戒指 !?③
8/23 FILE. 579 鬼婆传说杀人事件①
8/30 FILE. 580 鬼婆传说杀人事件②
9/6 FILE. 581 鬼婆传说杀人事件③
9/13 FILE. 582 来自关西的线索
9/20 FILE. 583 照片的下落
9/27 FILE. 584 company
10/4 FILE. 585 错误的电话!?
10/11 FILE. 586 血型诉说的真相
10/18 停载
10/25 FILE. 587 母亲的遗物
11/1 FILE. 588 召唤死亡的手套
11/8 FILE. 589 来自黄泉的凶手
11/15 FILE. 590 悲哀的手套
11/22 FILE. 591 恶魔来了…
11/29 FILE. 592 恶魔的诡计
12/6 FILE. 593 恶魔的眼泪
12/13 停载
12/27 停载
2006年柯南漫画在Sunday上共连载43回，相比2005年的44回，少了1回。
虽然2006年漫画中，依然几乎没有黑衣组织的出现，但是侦探甲子园系列、黑羽盗一系列、以及从9月开始连载至今的堂本身份系列，还是吸引了一大部分柯南迷的视线。
不过，如果以动画10周年来衡量的话，还是稍差一口气…期待600回…
1/4 FILE. 551 钉和蛇
1/18 FILE. 552 铁锤的真面目
1/25 FILE. 553 不可思议的打工
2/1 FILE. 554 晚餐的菜单
2/8 FILE. 555 梦想的明星
2/15 FILE. 556 侦探团的雪人
2/22 FILE. 557 滚落的轨迹
3/1 FILE. 558 悲惨的雪山
3/8 停载
3/15 FILE. 559 吃人的房间
3/22 FILE. 560 虚幻的尸体
3/29 FILE. 561 血迹的秘密
4/5 FILE. 562 关东的高中生侦探
4/12 FILE. 563 侦探甲子园
4/19 FILE. 564 密室证明
4/26 FILE. 565 侦探们的名推理
5/10 FILE. 566 热血侦探
5/17 FILE. 567 元太的射门
5/24 FILE. 568 元太和L
5/31 FILE. 569 淘气大王
6/7 FILE. 570 月下
6/14 停载
6/21 FILE. 571 黎明
6/28 FILE. 572 白昼
7/5 FILE. 573 落日
7/12 FILE. 574 秘密的妃英理
7/19 FILE. 575 秘密的妃英理②
7/26 FILE. 576 结婚戒指 !?
8/2 FILE. 577 结婚戒指 !?②
8/9 FILE. 578 结婚戒指 !?③
8/23 FILE. 579 鬼婆传说杀人事件①
8/30 FILE. 580 鬼婆传说杀人事件②
9/6 FILE. 581 鬼婆传说杀人事件③
9/13 FILE. 582 来自关西的线索
9/20 FILE. 583 照片的下落
9/27 FILE. 584 company
10/4 FILE. 585 错误的电话!?
10/11 FILE. 586 血型诉说的真相
10/18 停载
10/25 FILE. 587 母亲的遗物
11/1 FILE. 588 召唤死亡的手套
11/8 FILE. 589 来自黄泉的凶手
11/15 FILE. 590 悲哀的手套
11/22 FILE. 591 恶魔来了…
11/29 FILE. 592 恶魔的诡计
12/6 FILE. 593 恶魔的眼泪
12/13 停载
12/27 停载
2006年柯南漫画在Sunday上共连载43回，相比2005年的44回，少了1回。
虽然2006年漫画中，依然几乎没有黑衣组织的出现，但是侦探甲子园系列、黑羽盗一系列、以及从9月开始连载至今的堂本身份系列，还是吸引了一大部分柯南迷的视线。
不过，如果以动画10周年来衡量的话，还是稍差一口气…期待600回…
