鲨齿龙化石最先是由Charles Depéret及J. Savornin于1927年在北非所发现,发现于阿尔及利亚的卡玛卡玛组(Kem Kem Formation),地质年代为阿尔比阶[8]。原先被归类为斑龙的一个种,撒哈拉斑龙(Megalosaurus saharicus)。在1931年,恩斯特·斯特莫(Ernst Stromer von Reichenbach)改建立为鲨齿龙属,模式种是撒哈拉鲨齿龙(C. saharicus),并沿用至今。他斯特莫命名鲨齿龙的原因,是因为它们有着类似噬人鲨属的牙齿,而这牙齿并非弯曲,几乎是两边对称而前缘凸[1]。这个鲨齿龙的首个化石在第二次世界大战中被毁。在1996年,保罗·塞里诺(Paul Sereno)在摩洛哥的卡玛卡玛组发现了鲨齿龙的头盖化石[9]。
在2007年,塞利诺也发现了鲨齿龙属的另一个物种,在上颌骨、脑壳与撒哈拉鲨齿龙有所差异。这一新的物种是1997年在尼日发现,并在2007年命名为伊吉迪鲨齿龙(C. iguidensis)[10]。