光绪三十一年春，耶稣会欲变震旦为教会学校，以让马相伯“养病”为由，委任法国神父南从周为总教习，改变办学方针，另立规章，学生大哗，摘下校牌，全体退学。马相伯看到退学学生签名簿时，老泪纵横，决意站在学生一边，并得张謇、严复和袁希涛等名流的支持，在江湾另行筹建复旦公学（今复旦大学），马相伯任校长兼法文教授，聘李登辉任教务长。 光绪三十四年，由耶稣会接办的震旦大学拟迁址卢家湾，马相伯仍以办学为重，不计前嫌，捐现银4万元，公共租界和法租界地基8处（当时价值10万多元），以购置吕班路（今重庆南路）土地100亩，建造新校舍。
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