从历史上看，佛教在西藏地区的扎根发展大致经历了两个阶段，即初传阶段，也被称为前弘期；之后属于后弘期，又分为后弘前期与后弘后期即半独立时期和完全独立期。

藏传佛教后弘期之探索阶段
朗达玛灭佛运动之后，佛教又从上部阿里地区和下部多康地区向西藏中部地区传播，随着阿底峡的进藏传法，创立噶当派，相继出现了各种不同的宗教派别和学派。这一时期虽然寺院仍处于贵族的扶持阶段而缺乏独立性，但佛经翻译与对经典的阐释却处于活跃期，因而促使西藏民族文化进入了一个高峰。但这一时期佛教的发展也给自己带来危机，主要是由于当时管理混乱、组织涣散，部分人把对佛教密法的修持当成身份和时尚的象征。这一阶段也被称为佛教在西藏的探索阶段，因而又被称为“后弘期前期”。
佛教在朗达玛灭佛运动一百余年后再度进入复兴时期，即后弘期。此间出现了西部阿里的古格王、大翻译经师仁青桑波、阿底峡、鲁梅等10人，把佛教推进到一个新的活跃期。尤其是在阿里地区，佛教徒到处建立寺院并翻译大量佛经。古格王为了统一政权，缓和地区矛盾，以僧王的身份扶持佛教发展。佛教也适应了当时战乱之后百姓的心理需要，在寺院经济不断壮大的同时，逐渐形成不同的体系，进而相继出现了以地方经济势力为中心的宗教学派。而各种教派又与不同政治势力互相依持，形成了以教派或寺院为中心的权力集团。权力集团控制教派或寺院，集政教大权于一身，既巩固了自己在社会中的群众基础，同时又增强了其统治的合法化。
这一时期，各宗派相继创立了自己的理论体系，建立了强大的寺院集团，使寺院成为文化传播中心。尤其是显教方面吸收了印度中观学派和唯识学派的哲学思想，在译经的过程中加以论述、发展而形成了各自独立的思想体系，出现了大批极具学术价值的论著，代表了藏民族哲学思维的新水平。随着佛教教义深入当地群众的日常生活，藏传佛教日渐成为藏民族的主流文化意识，进而从各个方面推动了藏民族地区经济、文化等的全面发展。在此基础上，寺院经济的独立性日渐增强，基本不再像吐蕃时期那样完全依赖世俗王权，而是以僧人建寺、群众供养为特色。但这一时期，僧人、寺院的管理尚未形成制度因而处于散乱状态，在佛教理论方面也没有统一的指导思想，严格的学经制度尚未形成，因此佛教自身理论方面的发展还处于探讨阶段，因而被称为“后弘期前期”。