大鳄龟雌性的背甲呈方形，尾基部较细，生殖孔距背甲后缘较近，雄性的背甲呈长方形，尾基部粗而长，生殖孔距背甲后缘较远。
小鳄龟除上述特征外，生殖孔位于尾部第一硬棘之内或与尾部第一硬棘平齐的为雌性，而生殖孔位于尾部第一硬棘之外的为雄性。 雄性体形较大，长尾，长度是腹甲长度的８６％，且泄殖孔位于背甲边缘之外；雌性反之，短尾，长度小于腹甲长度的８６％，且泄殖孔位于背甲边缘之内。