种子的储藏要求高于一般商品粮，除要求防止发热霉变、虫蛀、鼠食外，还应做到以下两点：其一，保持种子的发芽率。其二，保持种子的纯度与净度。为此种子应单独存放。其储藏方法是：
1、选种除杂。为了保证种子的纯度，在粮食收获时应认真选种。收割后要实行单独脱粒，单独晾晒，单独存放，彻底去除杂质。
2、控制水分与粮温。种子的安全水分标准比一般粮应低1%左右。种子水分在17%以上，温度在-5oC以下易冻伤，影响种子的发芽率。干燥种子温度过高，易使蛋白质受热凝固，降低种子的发芽率。因此，种子不宜摊在油布或沥青 地坪上爆晒，以防烫伤种子。烘干种子时应控制好温度防止爆腰、变色、破皮等情况发生。
3、合理存放。存放种子的仓库要求具有较好的防潮、防漏、防热、通风和密闭的性能。入库前，应对仓房、器材认真进行消毒，然后按种子的品种、等级分开存放。种子包装可以用麻袋或布袋，但不宜用塑料袋。包装堆垛高度要比一般商品粮低些，散装种子的堆高一般不应超过2米。
4、适时通风密闭。种子在储存过程中，要适时通风和密闭，保持种子稳定微弱的呼吸，一般应从通风保管为主。在低温干燥的情况下适当密闭，对种子的发芽率影响不大，同时可以延缓外界温、湿度的影响，能在一定程度上防止感染害虫。但不宜长期密闭，否则会因严重的缺氧呼吸而破坏种子的发芽率。
5、加强检查。种子储存要加强检查。严防发热生虫、霉变，还应定期检查种子的发芽率。
6、种子粮不宜储存过久，应注意推陈储新。