政治教育，以时事教育和政策教育为主要内容，使指战员具有应付严重艰苦困难的思想准备和开展全面全力对敌斗争的政策水平。通过大量发展共齤产党员，集训基层党组织骨干，健全政治工作制度，加强了党的建设和政治工作。
加强地方武装建设方面，健全了军区、军分区组织机构，充实了分区基干武装。先后将新编第九旅、新编第十一旅、决死第三纵队和新编第十旅等主力兵团与冀南、太行有关军分区合并，所隶各团改为军分区的基干团。到１９４１年底，晋冀豫根据地大多数军分区都已有一至三个基干团（太岳各分区为基于营）。同时，恢复、建立和健全了县、区游击队，县游击队少者数十人，多者二三百人，区游击队少者十几人，多者百余人。整个根据地地方武装迅速发展到５．６万人。


人民武装建设方面，狠抓了发展与壮大民兵的工作。民兵是不脱离生产的武装骨干，执行比自卫队更高级的任务，即农忙时从事生产，农闲时进行训练，敌军来犯时参加作战。晋冀豫区的民兵是１９４０年秋百四大战前夕创建的。太行军区在１９４１年１月底召开了武装干部会议，制定了全年发展民兵的工作和要求。３月１８日，军区及各分区分别举行了民兵检阅大会。４月，冀南、太行、太岳联合办事处和太行军区联合颁布“晋冀豫军区人民武装抗齤日自卫队暂行条例”。接着，通过民齤主选举，成立了军分区以下各级人民武装抗齤日自卫委员会，以便领导人民武装进行群众性游击战争，配合抗齤日军队作战，维持社会治安，担任后勤任务。


１０月，日军又推行了第三次“治安强化”运动，对晋冀豫根据地实行经济封锁。与此相配合，从９月开始，日军对太岳、太行根据地进行大“扫荡”。
这次大扫荡首先从太岳南部新区开始。岳南原由国齤民党军队驻守。５月间日军发动中条山战役，国齤民党２５万大军不战而溃，中条及岳南大部地区沦入日军之手。８月初，第三八六旅和决死第一纵队各一部组成太岳南进支队，进入临屯公路以南、沁河以西地区，创建岳南根据地。９月２２日，日军企图趁岳南八路军立足未稳，一举予以驱逐，于是集中２万余入进人岳南“扫荡”。太岳南进支队在新区极为困难的条件下，采取了以小部队与日军保持接触，主力避免与日军拚消耗的方针，使日伪军合击屡次扑空，不得不于１０月初放弃对岳南的“扫荡”。


３１日，日军７０００余人对太行区的“扫荡”开始了。他们分南北两路行动，南路第三十六师团４０００余人，由潞城、襄垣等地出动，进犯黎城、赤岸、西井等地。北路独立混成第四旅团２０００余人，由辽县、武乡出动，进犯大有、贾豁等地。这时第一二九师机关驻赤岸，八路军总部机关驻西井。日军的企图是捕歼这两个首脑机关。
当夜，南路日军分三路直扑黎城县城。驻守黎城的第一二九师部队及时转移，日军扑了个空。日军占领黎城后，１１月１日又进占了东阳关。接着，日军采取夜间行动，向赤岸、王堡急进。
日军沿途不断遭到游击集团地雷战、麻雀战的袭扰。一路走走停停，两夜之中，不过前进了３０多里，行动完全丧失了突然性。


刘伯承指挥着第一二九师部队和机关严阵以待。师前方指挥所早已组织起来，司令部人员按工作性质暂编为３个班--作战机要班、通信情报班、后勤管理班，加上警卫部队两个排，全部人员不过一个连的规模，相当精干。
１１月１日深夜，刘伯承神态自若地站在作战室的地图跟前，不时查问着日军的前进位置和本师主力部队的动态。师侦察队的便衣侦察员们来去匆匆，不断报告着师部附近的敌情。师前方指挥所和师直属队整装待发。在精确计算了日军可能到达赤岸的时间后，刘伯承把师部转移的时间定在２日凌晨１时。时间到了，李达请示是否立即出发，刘伯承掏出怀表看了看，又抬头把目光移向地图，说：“鬼子离得还远，先不要动，免得鬼子过早发现我们的行动方向。”


又过了两小时，敌人尖兵占领了赤岸村以南一里处的高地。刘伯承下令转移：“按计划北过清漳河，所有人员一律不准喧哗，不准抽烟，不准咳嗽，不准弄出声响，静肃前进。”队伍刚出村口，后卫部队就跟日军接上火了。转移的人们不由得加快了脚步。夜间不便骑马，刘伯承也跟着大家一起步行。
队伍一口气走出去１０多里，背后的枪声始终未断，回头还可以看到日军焚烧村庄的火光。便衣侦察员气喘吁吁地从后面赶上来，向刘伯承报告说，日军大部队已从河南店、涉县到了赤岸、王堡，一时摸不清我们的去向，正分兵在附近搜索。据地方游击队通报，北面偏城方向没有日军，比较安全。
人们正准备继续北进，刘伯承突然下令：回头向南，朝西岗方向前进。不少人一路走一路心里直犯嘀咕：明明北面无敌情，南面是日军的大部队，怎么反倒在南走呢？队伍快到西岗时，刘伯承又下令东折，向邯长路前进。队伍越过了邯长公路，经北岗、更乐，转入了涉县东部的大山谷。这里高山绵亘，峭壁错列出，山间几乎无路径可寻。这时大家才明白是真正转移到了安全地带。


休息时，有人跟刘伯承说起行军途中一度产生的困惑，又问为什么不从赤岸东行直奔这里，却往北绕一个大圈子呢？刘伯承回答：日军“扫荡”开始时，他们是抓着主动权来的。而我们必须出其不意，攻其不备，才能在反“扫荡”中摆脱被动。日军对八路军部队的行动及规律，已经作过周密的侦察研究，针对我们行止的规律，确定合击的目标，布置各路‘铁环合围’的步骤。而我们的真实行止，首先是要不使敌人知道，或它知道也是过了时的。其次，最主要的就是我们的行动，不让敌人摸到规律，神出鬼没，不入圈套，不碰硬壁。
他看着对方渐渐明朗的脸色，继续解释：我们如果从赤岸直接东移，有被敌人在邯长路以东堵截或尾击的危险，因为他们也很了解涉县东部地势险峻，我方会加以利用的。先北行一段，把敌人的注意力吸引过去，然后突然向南向东，等他们发现我们的行动时已来不及阻拦了，这就是《孙子兵法》上所说的‘形人而我无形’。以无规律对有规律，是我们反‘扫荡’的一条重要原则。
一番话说得周围的人们恍然大悟，大家更加佩服刘伯承的谋算和指挥。


１１月９日，日军第三十六师团又集中５０００余人，奔袭黄崖洞、水窑地区，企图摧毁八路军总部设在那里的兵工厂。八路军总部特务团凭借有利地形和既没阵地，与敌展开了激烈的战斗。日军集中火炮猛轰，步兵一次又一次地发动强攻。特务团指战员沉着应战，大量杀伤日军。日军猛攻不逞，恼羞成怒，极其凶残地使用燃齤烧弹、毒气和喷火器，特务团的勇士们前仆后继，始终坚守在阵地上。其时雪花飞扬，周围的山峰很快布满了白色，地面上的积雪越来越厚。可黄崖洞阵地前一片焦黑，硝烟散了又起。经８昼夜苦战，特务团击毙日伪军８００余人，完成阻击掩护任务后主动撤离。
刘伯承指挥第三八五旅、新编第一旅等４个主力团，猛击敌人的侧后，积极配合黄崖洞保卫战。第三八五旅第十三四夜袭黎城，奋勇突入城内，埋设地雷百余颗。日军出动时触发了许多地雷，造成较大伤亡。各地游击集团也不断出击，袭扰、牵制日军。日军到处挨打，不得不在风雪交加中，仓惶撤到西井。　　

当晚，三路日军共同转向桐峪、麻田，对八路军总部实行“铁环合围”。刘伯承令新编第一旅在东阳关、潞城一线，分遣部队结合游击集团，以袭击、侧击的手段坚决扭住日军，掩护领导机关撤退。又令第三八五旅第十四团前出到涉县以北清漳河沿岸地区，迎击深入“扫荡”的日军。新编第一旅等部队对日军展开猛烈的伏击、袭击，有力地牵制和迟滞了日军的行动。日军进到桐峪，麻田附近时，总部机关已安全转移到了麻田以东的郭家峪。
日军因两步奔袭计划均告失败，遂转而进行“辗转清剿”。在和顺县的羊蹄凹、龙王庙尖，辽县的左会、黄漳，武乡县的蟠龙、石板等地，到处捕捉壮了，抢劫耕牛等牲畜，恣意烧杀抢掠，撒布糜烂性毒剂残害群众，对根据地进行灭绝人性的摧残。为了支援太平洋战争，日军特别注意搜刮资材，凡对战争有用的东西，一律装车运走，连破铜烂铁也不放过。


刘伯承令第三八五旅、新编第一旅等部队强化游击战争，以营、连为单位分散活动，大胆宽大机动，用伏击、奔袭、急袭、骚扰等手段，摧毁日军的运输补给线，打击日军的“清剿”部队。并派干部帮助县、区指挥部工作，开展全面全力的对敌斗争。
各部队迅速分遣出若干分队，结合游击集团和民兵，进行坚决的反“清剿”作战。日军遭受打击后，不敢分散配置，只得集中兵力改作“反转电击”。
一连几天，日军以较大兵力来回运动，二次合击麻田、桐峪总部机关，五次合击第二分区基干武装。总部机关在特务团掩护下，每次都巧妙地转移到安全地带。


２６日，黎城日军在潞城日军配合下，“扫荡”太南地区。２７日，刘伯承率师指挥所越过邯长路进至涉县以东王金庄，指挥反“扫荡”作战。他令新编第一旅、第三八五旅主力迅速开到太南，利用太南的险要地形，实行据险机动的伏击、阻击，杀伤日军有生力量。当天，日军进犯石城地区的先头部队百余人行经烟驮村，新编第一旅第二团一部采取伏击手段，给日军以突然、猛烈的打击，日军除１０余人逃脱外，其余全部被歼。该旅与第四分区第三十二团结合游击集团、民兵，依托虹梯关、老马岭等要隘，节节抗击，前后歼灭日军百余人。３月１日，日军聚集在平顺地区，有撤退迹象。


太岳区在太行部分部队的支持下，以小部队结合游击集团、民兵接敌，主力及时转到外线，打击日军侧后，袭击交通线，也粉碎了日军的“扫荡”。
这次春季反“扫荡”，军民同命艰苦奋战，太行、太岳两区共毙伤日伪军３０００余人，日军原定两个月的扫荡计划只一个月就被粉碎。但根据地遭受的破坏和损失也很大。太行第三分区司令员郭国言、第六分区司令员范子快等数百人在作战中英勇牺牲。仅４个分区统计即被劫走牲口６０００余头、粮食近万石。
刘伯承对二月反“扫荡”进行了及时的总结。系统地分析了日军在太平洋战争后采取的新战术，有所谓捕捉奇袭、铁环合围、纵横“扫荡”、辗转驻剿、反转电击、三角阵势、夜行晓袭等多种形式。同时对反“扫荡”的组织、战斗勤务、主要战斗动作和主要战术等方面，提出了一系列的对策。特别指明了对付日军合击、辗转清剿、反转电击的办法，为今后的反“扫荡”作战提供了战术指导。


一连３天，刘伯承一直守在作战室里，及时掌握敌情，不断下达指示。新编第一旅、太北各分区源源不断地报告敌人的动向和进止位置。机要科的参谋们接连不断地向刘伯承呈送电报。到２４日，东线平汉路的日军折向西南，一部控制了太北制高点峻极关。武安日军合击阳邑后继续西齤进。平定、昔阳日军汇合和顺日军合击松烟、拐儿镇后进至上庄、下庄地区。西线长治、武乡、辽县日军合击黎城、砖壁、桐峪等地后，也不断向腹地深入。
刘伯承指着标好最新情况的示意图，对李达和参谋们说，这次敌人判断我们主力是缩入腹地中心作战，会重演敌进我退、诱敌深入的老办法。所以从各个方面齐向腹地中心来一个铁桶大合击。我们基干军队如果能够不与合击敌人作被迫的战斗，即能转到合击圈外背击敌人，摧击补给线，袭击敌占区据点，这是上策。如不可能时，则仅与一方来的敌人略为战斗，即转出合击圈外，进行上述的作战，这是中策。如被敌人越压越缩，钻入四面八方来的大合击圈圈心，不管我们如何打击，是很难得出好结果来的，这是下策。　　

他端起用太行山土产茶叶泡的浓茶猛喝了一口，提了提神，接着说，基干军队能否及时跳出合击圈，关键在于掌握好利害变换线。敌人在制订合围计划时用的是‘圆规划法’，即以预想的某一合击目标为圆心，依据它的兵力和各路可能汇合的时间划定一定范围的合击圆周。这个合击圆周形成的那一刻，就是利害变换线。基干军队要确实掌握好这个利害变换线，及时转到合击圈外机动。只要干部能够经常查明敌情、隐蔽自己，平时对地形熟悉，预见战斗复杂，就能使自己在游击集团佯动掩护之下，实现这一点。
当天，发现有一股日军的侦探在紧挨邯长大道的王堡、会里一带活动，企图侦察第一二九师指挥所的动向。刘伯承率师指挥所和师直属队移到合漳。