第1,2集
初号机的暴走，使徒袭来，真嗣回想起这一切，感到莫名，看到受伤的凌波丽，与之前父亲的话语，产生激烈矛盾，懦弱的他嘴里不断重复，不能逃避，不能逃避，然后违心的说出我做，很明显他的心里很脆弱，随后战斗结束了，他很迷茫，望着天花板不知道干什么，这就是14岁的真嗣。美里让他和自己住，也许想开导他。美里乐天派，对未来充满希望，告诉真嗣这是自己家，真嗣踏步走进时，说：“我回来了。”这种回家的感觉。人类补完计划没有任何征兆就开始了，15年发生了什么？所保护的城市和EVA，还有少年，了不起的事。真嗣在打完电话后，看见凌波丽，这意味着开始，后来在Air真心为你再次出现意味结束。

第三，四集
真嗣作为新来的新生，但他不善于交朋友，只能远远的避开。豪猪距离，想把温暖传给对方却不知道怎么传给对方，越靠近对方越容易受到伤害，刺痛的是两个人的心，与其这样，还不如远离开，真嗣就是这样。第四使徒来袭，真嗣也不知道为什么又一次坐了上来，也许这是责任。但在第四使徒对阵中，真嗣因为东治的一拳和违背自己心愿的驾驶，将他心里最脆弱的地方击碎了。并不是他想要驾驶，但造成的伤害却由自己承担，当他看见惊慌失措的东治和相田，想到自己因伤害了东治的妹妹而被打的一拳，心里极度矛盾。美里要他撤退。这时，他又像一开始那样，逼着自己去干，“不能逃避，不能逃避。”真嗣在心极度混乱的情况下，和使徒拼了，他发出的怒吼正是自己的痛苦。战后，他想向美里倾诉，但他不知道该怎么办，只能回答“是。”但美里却误解了。崩溃的他，选择了出走，选择了逃避。不久他遇到了相田，相田告诉他东治已经反省了。真嗣和相田在一起过夜，但很快被情报部门带回。面对美里，他感到无助。当他被遣回时，东治和相田来告别他很是感动，在东治的恳求下，他用一拳打还回东治。这一刻，他们就是朋友了，在被带走时，他说出了心声：“我卑鄙，胆小，狡猾和懦弱。”美里在和律子的交谈中，认识到自己的错，开车赶回了车站。但看到没走的真嗣，很是欣慰。真嗣说：“我回来了。”和一开始一样，这是对家的认可，美里微笑的回应：“欢迎回来。”

5，6集
凌波丽同为驾驶员，但真嗣却不熟悉她。转学一年来，没有任何朋友。但是让真嗣想不到，凌波丽却和父亲谈得来。而父亲拼命去救凌波丽，让真嗣感到诧异。当真嗣去她家时，只见一片混乱，这时他发现，父亲的眼镜在台子上。当他戴上眼镜时，发现凌波丽正向他走来。在争夺时一不小心，压在凌波丽身上。真嗣感到一阵羞涩，但凌波丽却什么都不在意，裸着身子，从真嗣手中夺回眼镜，让真嗣感到诧异。当凌波丽问他是否信任父亲的工作，真嗣坚决反对，凌波丽给了他一个耳光，真嗣颇感惭愧。这天，凌波丽顺利通过实验，因为她信任碇司令的工作。这时第五使徒来袭，真嗣紧急出击，突然使徒发出加速粒子光，将真嗣击昏。美里制定屋岛作战计划，采取一点突破战术。不久，真嗣醒来但又一次，他感到害怕，拒绝驾驶，丽说她会代替他驾驶，让他好好睡，他感到对不起凌波丽。日本标准时间00:00，作战开始。真嗣发出第一发，可没想到使徒同时也发动攻击。很快，第二次使徒先发起攻击，凌波丽毅然保护真嗣，真嗣想起作战前，凌波丽说自己只有对每个人的羁绊，除此之外一无所有，就像律子所说：“她不擅长活着这件事。”真嗣大叫：“快点，快点。”瞬间，一束光射出击败使徒。真嗣呼喊凌波丽，像碇源堂一样，搬开门。看见凌波丽时他哭了，他不想让她死。凌波丽看着真嗣，朦胧之间发现像碇源堂，她微笑了，这一刻和天上的月亮一样静美。。。。。
第7话
真嗣与美里继续相处，真嗣感到美里很邋遢。当真嗣问道美里是否去学校时，美里说是，因为这是工作。真嗣感到难过，因为之前他把她当做一家人。JA能够代替eva，引起关注，美里与律子前往。在会上，律子与美里感到不爽，被人糊弄一番。美里生气得用脚踢橱柜，律子却表现得很平静，因为她知道接下来要发生什么。JA正常启动，各方面的确优于eva，但律子不屑一顾。突然，JA发生故障，不断行走，向人口稠密的厚木前进。美里决定赌一把，只身前往。发明JA的人看到美里这样执着，说出了密码“希望”。这时，受美里指令初号机抵达。美里在初号机帮助下，进入JA，找到控制台，输入密码。一看错误，再输入，错误，这时美里意识到这是场骗局，有人改了密码（实际上是碇源堂用初号机暴走AT的机密文件通过在内务省的加持交换到JA的文件）。她决定赌一把，用力推反应棒。这时距离爆炸只有几秒了，真嗣大叫美里，突然JA停止工作了。真嗣说这真是奇迹，但美里明白奇迹是早就安排好了。又一天，美里依然是那邋遢懒散，真嗣感到厌恶，向相田和东治倾诉，但他们却告诉他这样真好，他问为什么，因为她真实的一面是不会被外人看到的，这不就是一家人的证明。这时真嗣突然领悟了，由自内心的笑了。。。。。。。。。。。。。

8,9话
明日香闪亮登场，在太平洋舰队上，真嗣首次见到这女孩。同样加持也来到舰上，让美里意想不到，但使徒突然进攻，明日香决定直接参战，华丽地利用“飞”，在各个战舰上跳跃，华美的身姿完美展现。使徒为何会袭击太平洋舰队（是因为加持将亚当带在身边）?美里用钓鱼的方法用来击败使徒。可是二号机还是B型装备，在水中，无法动弹。眼看战舰要来了，明日香和真嗣决定集中精神，手动操作。终于刹那之间两人的同步率提高，短短7秒，将使徒消灭。相田和东治以为不会再见到明日香，心里暗自庆幸。可是，明日香突然来临，到他们学校上课，大吃一惊。明日香一到学校便引人注目，美丽的外表吸引许多人，但真嗣不以为然。加持被调往NERV，美里很是反感，这时第七使徒来袭。明日香又一次凭借高超的技巧，轻松将使徒割开。原以为使徒被打败了可是没想到，使徒分为两体又击败了eva。为此副司令很生气，美里面对一大堆文件十分着急。这时律子给美里一个解决方案，不过这时加持的主意，美里对加持有了好感。联合国军用N2地雷溶解使徒，虽然溶解了使徒但是6天后还会再度来袭，按照加持的计划，明日香和真嗣要在这六天在一起，使同步率上升。明日香和真嗣十分反感，但这是他们的责任。眼看没多少时间，明日香和真嗣还是不协调，美里于是叫来凌波丽，用激将法极其了明日香的斗志。在攻击来临前的晚上，美里不在。只有真嗣和明日香，明日香一个人睡，不允许真嗣来她房间。可是不久明日香又自己睡到了真嗣的旁边（从这可以看出明日香多需要人的温暖，可是高傲的性格注定她得不到真正的爱）。真嗣感到十分羞涩，想去吻明日香，但当她说出妈妈两字，真嗣想她只不过是个小孩（实际上是明日香需要母亲的爱）。使徒进攻强罗防线，在完美的音乐的配合下，真嗣与明日香成功击败使徒。可是，eva作战后难看的样子，成为他们争吵的论点，但他们忘了eva上的电话装有扩音器的呀！

第十集修学旅行有明日香最喜欢的斯巴库潜水，明日香本准备好了，但美里以使徒可能来袭为由不准旅行，明日香无奈只能在游泳池里潜水。浅山间地震研究所发来报告说有不明物体，美里在经过调查后发现是使徒，而且是未孵化的使徒。美里向碇司令申请A-17指令，碇司令指派飞机在那，等到作战结束时，一旦失败对地面投放N2炸弹，进行热处理。这次，作战由明日香操作，但当明日香看见工作服时，想反悔，这时凌波丽想操作二号机出击，好胜的明日香不同意，只能自己操作。而加持，美里本以为他不会来，但他却在另一处坐着缆车和一个抱着狗的女人说话，一旦NERV失败我们也会灭亡以及冻结现有资产（加持正在调查马尔杜克）。明日香成功捕捉使徒，本以为结束可是使徒开始孵化，美里决定马上战斗，但是使徒身体结构发生变化，完全不怕强烈的高温，这时真嗣想到的热膨胀，一下子，使徒，冷热相间，被烧毁了。但是使徒将缆线破坏了，明日香感到不爽本以为就这样完了，可是真嗣却冒着高温救了她，让他很是感动。战后，美里和明日香去温泉，明日香说美里知道她过去，美里十分坦然，就此新世纪福音战士进入精华部分。
11集零号机再次启动试验开始，真嗣第一次给父亲打电话，紧张的他没和父亲说上几句话，电话停了。这时，NERV遭到不明的攻击，有人将电源全部切断(加持将电源切断，从SEELE换取通往最终教条区的钥匙。SEELE得知了NERV的路线，所以后来能轻易入侵MAGI。)，NERV停电。第九使徒来袭，战自通过直升机向第三东京市告知使徒来袭，日向庚看见后，马上赶回总部，碇源堂决定手动启动EVA。真嗣和凌波丽在明日香的带领下前往NERV，好胜的明日香总想向凌波丽显示自己，凌波丽无动于衷，最后三人终于到达。EVA启动，使徒开始用强酸入侵总部，明日香决定，由自己来抵挡使徒溶液，真嗣负责开枪，凌波丽捡枪，最终使徒被击败。夜晚星星十分美丽，人类就是因为害怕黑暗，才使用火来赶走黑暗从而生存下来的，人类和使徒到底是什么关系？

12集2000年，人类用科学进行接触实验，可是发生爆炸，引发第二次冲击，美里的父亲将生的希望给了美里，自己却死了，美里因此加入NERV，向使徒复仇，可是父亲从未关心过家人，但却救了她，对他是爱是恨，和真嗣一样。美里升为少校，相田和铃原在她家搞庆祝活动，大家在一起吃饭，但引发了争吵，真嗣感到十分反感，为什么人一多就要争吵。碇源堂在南极将郎基努斯之枪回收，这时第十使徒袭来，自身像个炸弹，美里不顾律子的劝阻，毅然决定由EVA接住使徒，发布D-17命令。真嗣再听了美里的诉说后毅然决定驾驶EVA最终战胜了使徒。但没想到父亲夸赞了他，让他十分高兴。明日香选择吃拉面，让美里很是欣慰，而真嗣依然想着那句话。（父亲对真嗣来说是多么重要。）
13集律子开始进行自动驾驶的实验，这时，87单元的蛋白壁发生侵蚀，但没有引起律子的注意，很快污染扩大，让人没有想到的是它是使徒。碇源堂却向日本政府说是误报，想要隐瞒。使徒借用EVA实验体开始入侵MAGI,同时不断进化，入侵速度让人大吃一惊。加持调查NERV的计划不得不放弃了（他原本准备进入最终教条区）。MAGI做出自爆的决定，这时，律子决定进入Casper手动操作（里面有张碇是个大笨蛋的纸是律子母亲写的，表达她对碇源堂的的爱意同时也是身为女人的她执着）。最终，律子输入自灭程序，消灭使徒。律子告诉美里，MAGI实际上就是她妈妈身为科学家的她，身为母亲的她，和身为女人的她。
14集回顾了与使徒作战的过程，律子开始互换实验，丽和真嗣都感觉到对方的味道，但零号机再次暴走。同时碇源堂隐瞒了第11使徒进攻的真相，同时丽和零号机的再同步实验成功，密谋的亚当计划进展顺利，零号机将郎基奴斯之枪插入莉莉丝的身体避免它的成长。
15集星期天到了，美里要参加婚礼，真嗣要去见他父亲，明日香则去约会。加持前往京都，调查马尔杜克，知道它实际并不存在，但碇源堂已经掌握了他的行踪。婚礼酒宴结束后，美里，加持和律子在酒吧喝酒。美里借酒劲说了许多话，就在她上厕所时。加持将一个猫别针（是个白猫，和律子桌子上的白猫很相似）送给了律子，但律子告诉他不要继续调查了否则他会死的，但加持却很坦然。夜晚，美里和加持在大街上走，美里将自己的心声告诉了加持，一切都为了逃避父亲，但总是又为了父亲，和加持同居，因为加持像她父亲，加入NERV，是父亲参加过的组织，只有用向使徒复仇这样的借口来搪塞人们，实际她想从父亲的咒缚中逃出，和真嗣一样逃避这。真嗣和父亲见面，这次他很从容，没有逃避。明日香因为约会无聊逃了出来，后来无聊和真嗣亲吻，但她又感到很不快。当加持扶美里回来时，明日香闻到了薰衣草的味道，她感到十分愤怒。（以为美里和加持又好上了，唯一依靠的人也不在了。）过了两天，加持进入最终教条区，但他被美里发现了，身份也暴露了，他却依然打开了门，让美里看到了亚当（实际是莉莉丝），NERV远非那么简单。

16集真嗣的同步率超过了明日香，明日香在凌波丽面前故作冷静，实际她心里十分心痛，自傲的性格注定是她伤感。十二使徒来袭，真嗣因为在测试中被美里称赞，又在明日香的鼓动下，决定打头阵。不了解使徒的他，贸然行动，结果，被使徒吞入“狄拉克之海”。在一片漆黑中，真嗣体会到了什么是绝望，自己，在别人心中有许多自己都是自己，真嗣面对事时总是逃避，逃避父亲，他回忆起许多与父亲有关的事，欺骗自己只有这样才能活下去，但这世上痛苦的事太多了，捂着耳朵不想听到。母亲，真嗣想起了母亲，想到母亲是笑着的。生命维持系统将要结束，真嗣越感越冷，死亡好像接近了。真嗣的母亲出现了，拥抱着他，“已经够了吗，是吗，那太好了”。这时，NERV即将用992个N2炸弹投入中心。初号机暴走，从使徒的身体内撕开口子出来了（是真嗣的母亲保护了他，初号机的灵魂就是唯。）看着，暴走的初号机，律子也不知道她复制了什么，EVA，亚当，补完计划，一切都在美里心中产生了疑问。美里看到真嗣无事，哭了（和第五集一样美里把真嗣当一家人）。医院里，凌波丽走时说了一句和母亲一样的话，让真嗣意识到什么（和15集一样真嗣发现凌波丽很像他母亲，实际上就是他母亲的复制品）他闻到血腥味（是他母亲的味道后面20集有说明就是人的味道）。明日香因为高傲，不愿出现在真嗣眼前（其实她也关心真嗣）。

17,18,19,20集美国NERV第二支部因为冒险搭载S2机关，发生爆炸毁灭，因此决定由日本NERV接收。铃原当天和真嗣去凌波丽家送讲义，铃原觉得真嗣做人处事上变得游刃有余多了。铃原被选作第四适格者，但巧合的是偏偏是在灾难发生后，就选出来了，这引起了美里的怀疑，感觉NERV和律子在隐瞒什么，马尔杜克究竟是什么。一拖再拖的第三东京市第七次扩建完成了，加持因为NERV没举行庆功会而闷闷不乐，这时美里到这来问他关于马尔杜克，加持直说了一个数字707，真嗣班级的代码，实际马尔杜克根本不存在，真嗣班上的都是适格者，（要集中一起保护）。加持带真嗣到西瓜地，想让他想到一些快乐的事。第二天，律子告诉了铃原，他是适格者。铃原知道后，感到十分消沉。想起以前他是怎么对真嗣的，这时洞木光想让铃原吃她的便当（实际她喜欢铃原，在后面她向明日香说明了理由，因为他温柔，他十分负责任的对他妹妹。），铃原答应了。明日香找加持意外看到铃原是适格者这事实，她感到十分生气，她怎么也没有想到铃原是第四适格者。相田想拜托真嗣让他当驾驶员，但真嗣什么都不知道。松代的实验要开始了，美里准备出远门，她想告诉真嗣但没有勇气。三号机在运送的过程中，被十三使徒寄生。铃原没有告诉真嗣是适格者，自己一人离开了。美里拜托加持照顾真嗣几天，便什么都没对真嗣说就离开了。晚上，真嗣向加持问起父亲（真嗣开始去尝试接触父亲，去理解他），但加持却告诉他，他只是自以为了解而已，人无法完全理解别人的，甚至能否对自己完全理解也值得怀疑，百分比百互相理解是不可能的，但正因如此人才会努力去了解自己和他人。（真嗣就是想完全去了解父亲，但他不知道了解越深受的伤越深，如豪猪的距离）。在松代的实验如期举行，但意想不到，三号机是使徒，随后发生大爆炸。NERV指挥权交给碇源堂，他下令将三号机标为第十三使徒，命令EVA迎击，而真嗣第一次由父亲指挥。三号机轻而一举击败二号机，零号机（零号机本来完全可以开枪，但想到铃原在里面，没有开枪。）它来到真嗣面前，当真嗣看到未排出的插入拴，知道上面有人，所以没有攻击，初号机被三号机紧紧掐住，眼看真嗣就要死了。碇源堂决定启用傀儡系统。在傀儡系统的操作下，初号机将三号机分尸了，真嗣拼命乞求父亲不要这样做，但当初号机握着插入栓时，真嗣大声喊不要，但一下子插入拴毁了，真嗣心碎了。美里在昏迷中醒来，看见加持，知道是初号机毁了三号机时大吃一惊，接通了真嗣的电话。真嗣还在为了没救人而深深自责，当他听说驾驶员还活着时，激动地向外面看去，只听见美里说第四适格者是，铃原冬二，真嗣大喊，是他害了他的朋友。不久，真嗣彻底对父亲失望了，对他的恨达到了极点，决定摧毁总部，但碇源堂提高了LCL压缩浓度，制止了真嗣。在病房铃原冬二苏醒了（此时他失去了一条腿），洞木光来看他，他拜托小光不要和她妹妹说这件事。真嗣决定彻底离开NERV（又一次选择逃避），相田打来电话来劝他，但相田也恨自己为什么不是驾驶员。在火车站，真嗣又和美里告别，美里告诉他适格者的真相让他大吃一惊，随后他在火车站候车时使徒来袭（和第一集一样）。最强大的第十四使徒来袭，任何武器都没效果，使徒一个攻击就击穿18层装甲。美里让二号机在地下迎战，碇源堂决定让丽操纵初号机，但失败了，傀儡系统也没用。希望全寄托在明日香身上，但强大的使徒一下子大破二号机，明日香彻底失败了。真嗣在避难所内，看到二号机头，看到人们在灾难面前是那样无助，真嗣又一次感到深深的自责。当他看到加持在浇西瓜，加持告诉他如果使徒和亚当接触会引发第三次冲击，所有人都会死能制止它只有EVA，真嗣陷入深深沉思。这时，零号机只抱了N2炸弹，就冲向使徒，想和使徒同归于尽，但失败了。真嗣被深深震撼了，加持跟他说没有人强迫，自己思考自己应该做什么总之别让自己后悔。真嗣明白了，他要保护所有人，他一路狂奔到了碇源堂面前，这次他没有逃避，双手紧握，大声说出自己是EVANGELION初号机的驾驶员，碇真嗣。装甲彻底击破，使徒沿主垂直沟下降，攻到中央教条区，眼看美里等人就要死了，这时初号机一下子将使徒击倒，真嗣拼命作战，眼看就要成功，但没电源了，使徒乘势，击毁初号机装甲，想摧毁初号机。真嗣在驾驶舱大喊，这一刻，他母亲被唤醒，又次觉醒。同步率400％初号机暴走，不费吹灰之力，击破使徒A.T.毙亡使徒，初号机开始蚕食使徒S2机关（在之后Air真心为你初号机会有如此大的能源，提供保障），拘束器被撑开，初号机用自己的力量解开束缚，而真嗣却被失去意识形态。律子启用了她母亲用过的方案想救真嗣（主要原因是因为只有真嗣才能驾驶初号机，还有那方案是10年前为救唯而制定的），在插入拴中，真嗣想到为什么操作eva，不就是因为大家需要他，和被称为敌人的使徒战斗，他早就知道有EVA。他原本想和父亲说讨厌，但大家的称赞声让他逃避了烦恼。这时出现了美里，明日香，凌波丽**出现在真嗣眼前，他想放下这一切，敞开心扉。明日香失败了，此刻她的自信不复存在。营救计划开始了，但真嗣不想回来，美里看到真嗣的战斗服哭了大喊还给她真嗣。真嗣再次闻到味道是妈妈的味道，这时真嗣小时吮吸母乳的图片出现。碇源堂：第二次冲击后这孩子能活下去吗？在这个地狱里。唯：嗯，只要一心想活下去，无论哪里都会是天堂，因为只要能活着还怕没有机会得到幸福吗？碇源堂：是吗？说的也是。真嗣：妈妈。唯：决定了吗？碇源堂：男孩子就叫“真嗣”，女孩子就叫“丽”。唯：真嗣。。。丽。。。呵呵。（一段碇源堂和唯的谈话，其中唯说的话在Air真心为你出现过，碇源堂说话语气和现在的他不同，过去的他对真嗣充满希望，但唯死后，他变了。）妈妈，真嗣又一次看见母亲，真嗣从EVA体内排出。美里在真嗣得救后，和加持幽会，加持将一个胶囊送给她（实际是芯片，一切的秘密都在里面），加持明白自己日子不多了。
PS：看到这我很悲伤，我想再看一次真嗣，铃原和相田一起上学，美里和加持纠葛，明日香和洞木光一起与笨蛋三人组的吵架，凌波丽和明日香之争，安静的校园，美丽的第三东京市，可惜一切从现在开始全部破灭了。

第21集人类因为无知触犯了神物理性地将亚当和莉莉丝融合，从而引发第二次冲击，理解通向支配。。。。。。。。加持将冬月绑架送到SEELE，SEELE正因初号机拥有了S2机关，想让冬月老师帮他们，他们没打算需要新的神，尤其将神交给那个男人，冬月开始回忆起过去：
1999年，冬月与碇唯在京都大学相识。不久之后，六分仪源堂和冬月相识。当时源堂和唯已经在交往中。源堂一边接近唯，同时也一边接触她背后的组织Seele。（实际上碇源堂目的原来是这样，可没想到竟然真的爱上了唯，所以当唯死后，他决心启动人类补完计划。）
2000年9月13日，第二次浩劫（Second Impact）发生。在南极大陆上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变，造成海面水位上升、地轴扭曲。如同恐龙灭绝的传说，巨大的陨石撞击地球之后灰尘遮盖天空，造成全球性气温下降。经济崩坏、民族纷争、内战……，世界人口急速减少，只剩下原来的一半。南极，成为了宁静的残亡地域。人类，并未象恐龙那样灭绝，但复兴的工作，却无比严峻。
2001年，碇真嗣诞生，并且，所有EVA的驾驶员亦在这一年出生。唯也真正成为家庭主妇（和十五集真嗣说凌波丽很适合当家庭主妇相类似。）
2002年，源堂和冬月为了调查第二次浩劫的起因前往南极。国联正式发表公告，称2000年9月13 日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击。但对于造成第二次浩劫的原因，却无人知晓。现实毕竟难以掩盖，在专家圈内，流传着一些保留下来的照片，在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像。也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中心，有数对巨大的翅膀。六分仪源堂也正式改名为碇源堂。同时，在碇源堂的邀请下，冬月加入调查队。 因第二次浩劫受到惊吓而陷入自闭状态的美里，被国联保护。
2003年，国联完成了对南极的调查，根据调查结果设立了位于箱根的人工进化研究所。冬月首次探访人工进化研究所，之后开始协助源堂。在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用这个空洞而建造。此时，E计划始动，零号机也开始建造了。
2004年，进行了EVA启动实验，在幼小的真嗣面前，发生了事故，真嗣的母亲唯在实验中消失，拯救计划失败。自从唯的事件以后，没多久，源堂决定转移实行《人类补完计划》（在这之前的他们，其目的只是实行E计划而已）。
2005年，美里和律子在长野县第2新东京市的第2东京大学内相识，之后加持和美里相识。没多久，加持和美里开始同居。在地下庹洞的上方，第3新东京市开始建设。
2007年，美里和加持分手。
2008年，赤木博士完成了MAGI的基础理论。跟随着母亲直子，律子加入研究所，成为主要执行人。
2009年，葛城美里加入研究所。
2010年，NERV的中枢电脑MAGI完成的当日，开发者赤木直子在掐死第一个绫波丽后自杀。人工进化研究所经过改编，成为了新的秘密组织NERV。
此刻，加持按照SEELE的命令又救回冬月，而加持完成最后的任务后，被杀。美里被释放，回到家中当她看见电话上的留言灯再闪。她似乎明白些什么，怀着忐忑的心情打开（最好不是加持）。加持的声音传出（如果还能再次相见的话，我会对你说8年前没有说出口的那句话，那就是“我爱你”，再见），美里明白什么都结束了，加持死了，她痛惜的哭了，哭的是那样伤心（任何一个人当自己心爱的人死去都会伤心的哭吧。）真嗣明白，他还只是个小孩，什么也做不了。

第22集明日香的同步率继续下降，实际是她输给了真嗣，自信心已经消失了，律子开始着手更换二号机核心。另一方面，13号机开工建设（SEELE已经开始怀疑碇源堂背叛了他们，他们决定提前计划），在资金如此紧张情况下，不公开建造引起了美里的警觉。明日香打加持手机打不通（实际加持已死），她看见真嗣和凌波丽正交谈甚欢，她明白是她输了。在三人好不容易在一起吃饭时，却谁也没说话，这时电话来了，真嗣接起电话，是明日香的继母。明日香接电话显得十分愉快以至于真嗣都感觉她是陌生人，明日香在接完电话后不知不觉中将自己身世告诉真嗣（她其实是喜欢真嗣的，但好强的性格制止了她与别人交往）。洗澡时，明日香感到一切都是脏的，此时她的心已经开始污染了。同步率测试明日香勉强达到启动值，美里已经意识到明日香已经心力交瘁了。在电梯里，明日香遇到凌波丽，对于她认为是人偶的人，毫不留情打了凌波丽一个光（之所以明日香讨厌凌波丽，因为凌波丽和人偶一样，只听碇源堂的话。而人偶和明日香妈妈在丧失意志时所抱的人偶一样，人偶代替了她。）第十七使徒来袭，原本明日香担任防守，但她主动担当主攻，美里没有阻止她，美里明白这一战将决定明日香的命运。在卫星轨道上的使徒突然发动精神攻击，使徒已经开始尝试了解人心。在精神攻击之下，明日香的心被污染了。明日香回想起以前她原本好不容易忘掉的事情。空荡荡的地方，她孤身一人，当她看见加持在那，她呼唤他，但他没有来救她。那是谁？真嗣。为什么你在那里，什么都不做，不来救我，也不来抱我，谁都是，谁都是。。。。。所以请看看我。这时幼时的自己问她，你寂寞吗？没有，不要到我旁边来，我要一个人活下去。你喜欢我吗？不依赖任何人。你真得喜欢我吗？我可以一个人活下去，谎话连篇！（这时幼时的明日香和人偶一个样子，她实际上就是自己的人偶）明日香彻底崩溃了。零号机救援不成，碇源堂决定用郎基奴斯枪攻击使徒，实际上正好给自己一个借口，拖延SEELE的计划。而美里请求制止，因为会引发第三次冲击，碇源堂没有回答，美里明白了第二次冲击根本不是使徒接触造成了。在郎基奴斯的超强攻击下使徒消灭了。明日香被救回后，她十分愤恨，她是被人偶救回，而她自已明白她已经无法驾驶EVA了。
PS：里面出现一些画，在Air真心为你里出现过,但还少几幅，怀疑那时实际真嗣和明日香一起在补完。

23集
美里因为加持的死而闷闷不乐，在洞木光的家中，明日香的意识消沉，她只能向洞木光倾诉。同时律子的猫死了，为律子遭碇的抛弃作下伏笔。在审议会上，郎基奴斯枪的消失，使得SEELE对碇源堂越加不信任，他们明白碇源堂想要背叛他们。第十六使徒来袭，碇源堂下令，让零号机迎击，而同时也让同步率极低二号机出击 ，目的只是让它当诱饵。使徒第一次尝试与人亲密接触。明日香与二号机同步率只有一位数，明日香彻底绝望了。使徒继续侵蚀零号机。凌波丽与使徒接触，使徒已经和她合体，使徒把自己的感情和心一起分给凌波丽，凌波丽感到寂寞，使徒也是如此，有很多个但最孤独的还是自己，凌波丽是寂寞的，那是自己的心，凌波丽流下了眼泪，充斥着悲伤的心，这就是眼泪，寂寞的象征。使徒借用零号机的身体喷发了出来。碇源堂下令让初号机启动，明日香感到不平，为什么那时没派他来救我。使徒朝着初号机来了，使徒开始侵蚀初号机，初号机用刀捅向使徒。使徒伴随惨叫，在真嗣的手长长出凌波丽，而使徒也变成凌波丽向初号机迎去。凌波丽终于明白其实自己是想和真嗣在一起，凌波丽将使徒困住，最终凌波丽选择自爆和使徒同归于尽，在死前看见碇源堂而留下眼泪，究竟是爱谁？随着零号机化成凌波丽而爆炸，第三东京市也随着光热消失了。在那，真嗣愣住了，他不理解为什么凌波丽这么做，他想哭却哭不出来。随后，律子发现了凌波丽的尸体，命令机密处理。美里想用自己来帮真嗣排解，但真嗣拒绝了，美里和真嗣一样都是寂寞的冬月说：“丽，她是我绝望下的产物，现在也依然是你的希望寄托，果然忘记那些是相当困难的啊。”碇源堂决定在制造一个丽。美里接到电话，凌波丽没死。真嗣高兴地奔向凌波丽，但她什么也不记得了。在房间内，凌波丽拔下根本就没有伤的绷带，盲目看着自己，她拿起眼镜想碾碎它却哭了，这就是对碇源堂那又爱又恨的情感吧。律子被当做丽的代替品交给SEELE当得知是碇源堂亲自交给SEELE时，她明白结果自己还是比不上那个人偶所以她决定背叛碇源堂（在真心为你中，律子决定自爆阻止碇源堂）。美里收到加持所给的礼物，开始调查NERV。律子将真嗣叫来，没想美里改了密码，于是三人一起前往。在地下有个一模一样的丽房间，EVA坟场，被遗弃的EVA。三人终于来到傀儡插入拴的原型，真相却是一个个丽。“在这里的都是傀儡，而且不过是为丽准备的零件，人捡到神而大喜过望（南极科考队发现了莉莉丝和亚当），想要把神据为己有（将莉莉丝和亚当进行物理性融合），因此遭到了天谴（第三次冲击），那是十五年前的事，好不容易捡到的神也消失了（亚当的失踪），但是这次他们企图以自己的力量让神复活（人类补完计划也称亚当计划），这就是亚当。然后再利用亚当按照神的样子制造出人类，这就是EVA，本没有灵魂的EVA寄宿了人类的灵魂，都是灵魂救捞的产物，拥有灵魂的容器只有丽一个，只有那个女孩产生了灵魂，灵魂之屋已经是空荡荡的了。在这里像丽一样的东西并没有灵魂只能算是容器而已，所以我要毁掉她们，因为我恨。”律子说完摧毁了傀儡系统，“我，很清楚，我在破坏，她们并不是人，只是徒具人形体的东西而已。但我竟输给这样的东西，我赢不了她们，只要想着那个人，任何凌辱我都能忍过去，我的身体变成什么样都无所谓，可是那个人，那个人。。。他明明知道的，我真是傻瓜，母女俩都是大傻瓜。”说完律子哭了。被EVA缠身之人的悲剧，无论是真嗣，律子和美里都是一样的。

24集
明日香崩溃，朋友迁走，丽的真相。第三新东京市在多次经受使徒侵袭之后，到处是战斗遗留下来的废墟。在夕阳西沉的湖边，真嗣遇见了一位少年，他就是由Seele来的第五适格者－－渚薰。经过沟通，真嗣对这位少年产生了好感，但渚薰的真实面目却是第十七使徒。他带领着二号机，来到NERV地下的亚当处。但在追来的真嗣面前，他却要求真嗣将他杀死，也许这就是生的抉择，最终真嗣杀了他，保全人类，但真嗣也深入了深深的自责。

EVANGELION大结局Air真心为你
一切都已结束，真嗣绝望了，在半裸的明日香面前，迫于精神压力自慰了，他的精神已经丧失。MAGI受到入侵，律子被释放了，抵挡了入侵。战自入侵，明日香在母亲的帮助下振作了起来。美里为救真嗣，不幸被击中，死前她告诉真嗣，一切，都要现在去做，别等后悔以后，随后给了真嗣最后一吻。美里看见加持后爆炸死去，真嗣看着口角的血哭了。量产机降临，明日香全力以赴。律子为了阻止碇源堂，启动了自爆，但作为女人的母亲拒绝了，碇源堂杀了律子，死前，对她说了一句话就是：“赤木律子，我曾经爱过你（漫画）。”但她明白这谎言，一切只是为了利用她，那一刻，她看到了她无法战胜的丽。量产机死而复生，残忍吞噬二号机。真嗣被初号机自我搭载进入，人类补完计划开始。郎基奴斯枪回到地面，量产机发动仪式。碇源堂想引申仪式，丽明白，碇源堂所做一切还是在利用她。所以，她要到真嗣的身边。补完进行，莉莉丝觉醒，月黑之卵出现。真嗣看见残缺的丽恐惧，量产机头部变化，初号机敞开力场，与郎基奴斯枪融合，真嗣看到渚薰后，留下了幸福的泪，接受补完。丽的心就是你的心，想乞求些什么。在整个过程中想到了与他相关的三个女性，他又一次逃避，意境中掐向明日香。他选择大家都死，在“都倒下”的歌声中人全都死去了。嘈杂的声音，愉悦的叫声，充斥着一切。回忆中，景象，梦以及明日香，凌波丽和美里，他明白在莉莉丝的世界中，他并不存在，这不是他的世界，那就是现实的延续，梦的终结。莉莉丝的颈部喷出血，补完失败，开始趋向灭亡的终点。丽和渚薰就是他的希望，别人会抛弃他，但此时心情是真实的，他存在着。EVA涌出，莉莉丝倒下，心A.T.Field又散开了。所有的生命都有复原的力量，只要有希望，哪里都有获得幸福的机会，过了50亿年，人类依然有机会复原。在LCL中，真嗣见到了母亲，他明白要靠自己活下去，但母亲怎么办。最后，世界只剩明日香和真嗣。真嗣又一次看见了丽（和第一集一样意味结束）。真嗣想掐死明日香，但放弃了，活着总比死好。明日香说了最后一句：“真是不爽。”代表那悲伤的结局
The End Of
EVANGELION
剧终

写的真好 照片也不错~
只不过少年时期 我可能早就忘记了...