种子是一种特殊的农业生产资料，质量低劣的种子给农民带来的损失不仅在于种子成本本身，它还会造成作物减产、绝产，殃及整个生长季的全部投入和利益，后者的危害往往更为严重。为维护正常的种子经营秩序，保证种子产业的持续稳定发展，国家和有关部门制定了一系列法律法规，如《中华人民共各国种子管理条例》、《中华人民共和国植物新品种保护条例》、《中华人民共和国农业部农作物种子检验管理办法》等等，这些法律主要从以下几个方面对种子的生产经营进行规范：
在品种审定方面，我国规定经营和推广的农作物新品种和林木良种，应当经过审定。国家和省（直辖市、自治区）农、林主管部门设立品种审定委员会，分别负责审定农作物新品种和林木良种。各育种单位和个人育出的新品种，未经审定只能进行小面积的试种，但不得进行大面积推广。
为鼓励培育和使用新品种，育种者对自己培育的新品种可申请品种权，未经品种权人许可，不能生产和销售该品种，新品种的申请权和所有权可以转让。
种子生产实行计划管理。经营性的常规种子繁制，纳入县以上各级种子管理机构的计划。杂交种子的生产计划，由省级农业主管部门统一制定。凡出省繁殖制种需经双方省级种子管理机构批准。商品种子生产应签订预约合同。以商业目的进行种子生产的单位和个人，必须具有与种子生产任务相适应的技术力量和生产条件，并由县级以上人民政府农业、林业主管部门核发《种子生产许可证》。种子生产基地交售种子时应附有该批种子的田间检验结果单和产地检疫合格证。
为规范种子市场流通秩序，《中华人民共和国种子管理条例》规定，经营农作物种子必须取得所在地县级以上种子管理机构颁发的《种子经营许可证》，并凭证办理《营业执照》。经营销售的种子必须具备《种子质量合格证》。
销售不符合质量标准种子，掺杂使假，以次充好的，有关部门有权制止其经营活动和扣押种子，没收种子和违法所得，并处以违法所得1-2倍的罚款。给使用者造成经济损失的，还应赔偿使用者的直接损失和可得利益损失。情节严重的应追究其刑事责任，我国《刑法》规定，经营伪劣种子造成特别重大损失者，最高可处以无期徒刑，并处以罚金或者没收财产。