那曲历史悠久,从20世纪50年代起,地质学家和考古学家就在藏北高原发现许多打制石器,其形状和制造工艺,普遍带有游牧文化的特征,基本上属于旧石器时代中期或晚期的文化遗物,距今大约1~5万年。那曲地区明确见于史料最早的,便是古老的象雄政权,在汉文史籍中称之为羊同。在藏文史籍中,将这一地区称作“卓岱”,意为“牧业部落”,称这里的居民为“卓巴”,意为牧民,或“羌巴”,即北方人,或“羌日”,意为北方部落。在象雄鼎盛时期,象雄人将其地域划分为内、外、中三部。现在的那曲地区,大致属于中象雄和外象雄。中象雄的中心“当惹琼宗”,就在那曲地区西南隅的当惹雍错湖畔一带。象雄势力衰微后,地域西缩。在公元7世纪前后,这一地区的东部地域归属于苏毗部落统治。后来,吐蕃部落逐渐强盛,统一了全藏,建立了强大的吐蕃王朝,藏北也被纳入其统治之下。
松赞干布时期,将吐蕃分为四台和61个东岱(相当于千户),原苏毗部落故地设“孙波如”,共辖11个东岱,作为吐蕃向西域和河湟江岷地区扩张的基地,这一带显得特别重要,史称"军粮马匹,半出其中"。
宋朝(公元960-1279)以后,那曲和羊八井、帮仓(今当惹湖和昂则湖一带)、朗如(今班戈县一带)被称作北方四部落。1269年,忽必烈(元朝开国皇帝)派出官员在自青海到萨斯加的主要驿道设置驿站,其中在前藏设置驿站7所,驿道穿越今那曲的巴青、索县、比如、那曲及当雄一带,并派蒙古军士屯驻藏北,以后形成霍尔三十九族的藏北蒙古人势力。公元1725年,清政府设青海办事大臣,委任第十二代"霍尔王"赤加吉钦总管三十九族,直属理藩院夷情衙门。1728年,清廷在拉萨设驻藏大臣办事衙门。1731年,勘定青藏地界,古拉山脉南北两麓诸部落,分归驻藏大臣和青海办事大臣管辖,三十九族划归驻藏大臣直管,同年清查各部户口,并向驻藏大臣衙门支差。到清光绪三十三年(1907),共有八代“霍尔王”,均受清政府册封委任,有的还赐给顶戴花翎。1751年,清王朝派兵平息了珠尔默特那不扎勒事件,并制定善后章程十三条,对西藏地方行政体制进行了重大的改革,根据那曲所处的地理位置及其在历次平息藏乱中的重要战略地位,清王朝在那曲建立坎囊宗,归属于噶厦直接统治,坎囊宗由堪布(即宗教头领)和囊索部落头人联合行使管治权,是一种政教合一的统治方式。那曲还有一部分地区归班禅管辖。辛亥**(1911.10.10-1912.1.1)前后,中央王朝势力衰落,噶厦得以将历史上由驻藏大臣直管的达木及三十九族地区收归己有。第九世班禅被迫前往内地后,噶厦又强行接管了班禅属区。至此,藏北地区自吐蕃王朝崩溃以后,第一次全部置于西藏地方政府的直辖之下。为了加强对达木和三十九族的统治,噶厦在1916年设置了霍尔地区总管,即“霍尔基”,从此结束了历时五百余载、传二十一代的“霍尔王”历史。霍尔基从设立到结束,共历经九任官员。