基本上你换布局就意味着学了好几年的QWERTY算是废了，同时废了的肯定还有你那上面的输入法，尤其是QWERTY优化过的输入法。
改键盘布局主要是
Windows改注册表（Win2k～Win7），改键软件（Win2k～Win8）
Linux终端loadkeys xxxx
Linux桌面环境以及苹果机在系统设置里面找
除了Linux终端那个似乎扯不上太多中文输入的问题，剩下的都是可以解决这个问题的。
这样下来大部分之前能用的输入法，包括谷歌拼音、清华紫光，也包括fcitx等等都是没问题的，所以至于词库之类的问题完全不用担心。
再说到双拼方案，你可以考虑继续用小鹤的方案，虽然不一定合理，但是毕竟你也已经习惯了的。统计数据上，Dvorak上的双拼方案一般在计算当量时会大于QWERTY下的方案，这一方面是因为双拼方案是为QWERTY优化过的，另一方面原因是当量的数据是QWERTY打字员的速度得到的。Colemak我没测试过，如果你感兴趣可以自己回去试试。
Dvorak和Colemak是第二和第三常见的两个键盘布局，当然，你还可以去自己折腾出一个键盘布局来，这完全看你自己的要求。
如果你需要自己建立个键盘布局，微软有一个编辑器可供使用；此外你也可以下载一个AutoHotKey并上网找一下QWERTY改Dvorak或Colemak的代码仿写一下，也是很容易的。