准噶尔部是我国西北地区的厄鲁特蒙古诸部之一。康熙中期以后，该部崛起，先后兴兵进犯喀尔喀、青海和西藏等地。为了维护国家的安定和统一，康熙、雍正两朝曾先后对西北用兵。清政府的军事打击虽使准部上层贵族对相邻地区的进犯活动有所收敛，但是清政府也没有实现对西北边疆进行直接统治的最终目的。乾隆十五年（1750）后，准部上层贵族发生了争夺汗位的内讧。最初，喇嘛达尔札联合其他贵族杀死策妄多尔济、纳木札尔而夺得汗位。不久，喇嘛达尔札又被达瓦齐和阿睦尔撤纳所推翻，汗位又被达瓦齐夺去，接着达瓦齐又因争权夺利和阿睦尔撒纳以兵戎相见。准部上层贵族争夺汗位的斗争，使得本部和附近各部的广大牧民与中下贵族深受其害。为了摆脱战争灾难，萨喇尔、三车凌等先后率部内迁。乾隆十九年，在争夺汗位斗争中失败的阿睦尔撒纳也率领二万余人投降清朝，达瓦齐政权已经处于众叛亲离的境地。在这种情况下，乾隆帝为实现康熙、雍正两朝的“筹办未竟之绪”，对西北地区准部的分裂势力展开了新的军事打击。

这次战争，分为平定达瓦齐和平定阿睦尔撒纳叛乱两个阶段。乾隆二十年春，乾隆帝调动大军，分北、西两路进军西北。由于达瓦齐政权已不得人心，清军“兵行数千里，无一抗者”，不过三个来月，便攻下西北重镇伊犁，将达瓦齐擒获。清政府此次出师取得了重大的胜利。

然而，正当清政府处理善后事宜的时候，一度投降清政府的阿睦尔撒纳为了实现自己作“四部总台吉，专制西域”的野心，竞置国家与民族利益于不顾，于乾隆二十年九月，又悍然发动了大规模的武装叛乱。由于此时大部分清军已经撤走，除少数据点外，北疆大部分地区又很快沦陷。在阿睦尔撒纳的煽动下，喀尔喀蒙古的个别上层贵族如青滚杂布等也揭起叛旗，武装反清。乾隆帝不能坐视叛乱继续蔓延和扩大，便于乾隆二十二年（1757）再度出兵西北。在清军的打击下，阿睦尔撒纳政权土崩瓦解，阿睦尔撒纳被迫逃亡俄罗斯，此后不久患痘死去。西北地区重新处于清朝中央政权的控制之下

但是，各土司之间的武装冲突仍然经常发生。为制止各土司之间的武装冲突，乾隆三十一年，四川总督阿尔泰采取了使大、小金川和各土司之间相互联姻的措施。这一措施暂时制止了各土司之间的相互攻掠，但却为大、小金川及相邻土司的联合反清准备了条件。乾隆三十六年，大、小金川土司索诺木、僧格桑分别攻掠附近土司，乾隆帝决定再度出兵。清军取各个击破之策，先尽全力攻打小金川。乾隆三十七年底，攻克其主要巢穴美诺，僧格桑逃往大金川。乾隆三十八年春，清军转向进攻大金川。指挥作战的温福腐朽无能，是年夏天，在索诺木的反攻下，清军遭到严重失败，连同前已攻克的小金川也一并丧失。乾隆帝又任命阿桂为定西将军，调集军队，重新组织进攻。是年冬，再克小金川，而后，又师出三路，进攻大金川。经过两年的战斗，至乾隆四十年底，始将大金川最后平定。这时，乾隆帝决心彻底推行改土归流的政策，在小金川旧地设美诺厅（后改名懋功厅），在大金川旧地设阿尔古厅，皆隶属于四川省，还分别在其险要地区设兵镇守，从此，这一地区最终结束了混乱相争的局面。

乾隆帝平定边疆地区少数民族上层分子的叛乱，维护了国家的统一。乾隆三十一年到三十四年，乾隆五十三年到五十四年，乾隆帝还曾先后对缅甸和安南两国用兵。就战争性质而言，这两次用兵，都是不正义的战争，给中国和缅甸、安南的人民带来了灾难。
清初以来，经过历朝特别是乾隆皇帝对边疆地区的经营，到十八世纪后半叶，我国形成了历史上空前统一的局面。在北起恰克图，南至南海诸岛，西起巴尔喀什湖，东至库页岛极其辽阔的土地上，居住着以汉族为主体的儿十个民族的人民。为了维护国家的统一，以乾隆皇帝为代表的清朝统治者坚持“修其教而不易其俗，齐其政而不易其宜”的原则，对少数民族的宗教信仰和生活方式表示尊重，对其上层贵族则授以爵位和与之联姻,多方笼络。这些政策收到了极大的成功，他在位六十余年，各少数民族地区基本上保持了长期安定的局面，所有这些，都有利于全国各地包括边疆地区经济文化的发展，并推动清朝迅速走向全盛。