此时兄弟会已经面临四分五裂的危机，但凯恩利用LEGION成功把分裂了的NOD兄弟会重新组织起来，并占据了地球上大部份的黄区。在一次的行动中，LEGION的影子军团成功摧毁了GDI的财政部大楼（GDI认为这是分离主义份子的阴谋），迫使GDI财政部长雷蒙‧波以耳留在地球处理事件，而没有到费城太空站（凯恩认为他是一个无能的人，可以令GDI走向失败，所以计划让他留在地球，好让他能够在费城太空站被毁后成为执行长）。之后LEGION被暂停运作……