合众地区的危机结束后的两年里，各地区一直都没有发生什么事。但是过久的平静让人忽略了危险的存在。于是，，新的冒险将在新的地区展开。第一场 VS尖牙猪[洁白镇]“上，小雷龙，用真空雷爪！”红发少年指挥着自己的神奇宝贝，小雷龙的爪子一挥，三道白色的雷真空波呈爪状朝对手袭去，“龙角犀，利用石头躲避攻击！””另一位蓝发少年也指挥着自己的神奇宝贝，龙角犀躲到了石头后面，避开了攻击。“好了，好了。训练就到这里结束了你们两个都休息一下，来吃点心吧。”一个声音打断了正想继续给自己的神奇宝贝指令的两人，两人带着自己的神奇宝贝来到发出声音的地方，红发少年叫凪，蓝发少年叫连，两人都是12岁，“妈，你干吗在这个喊结束，我本来是可以赢的。”连拿起一块三明治边吃边报怨道，“你们两个都训练了半小时了，也得休息一下子了。我说得对吧，凪。”说话的是一位穿着白色博士服的女人，她就是奥义地区有名的紫兰博士，同时也是连的妈妈。“连，博士说得对，就算我们不累，

神奇宝贝也会累的。”凪看着正在吃苹果的小雷龙和龙角犀说道。十分钟后，两人吃饱了，就和博士朝研究所走去。
来到研究所的门口，连发现门居然开着，就问自己的妈妈：“妈你走之前没关门吗？”“奇怪，我记得我有关门的啊。难道是……！”紫兰博士刚说完，一个人就从研究所里走了出来，“太好了，终于被我找到了。”那人望着手中的东西，抬起头来刚好看到博士三人，“你……你们……什么时候站在哪里的？！”那人指着博士三人说道，“我们刚才就站在这里啊，话说你手上拿的是什么？”连问道，“我才不告诉你。你们听好了，我可是磁铁团的人，看清楚我衣服上的标志。”说完指了指自己的蓝红双色衣服上的标志，“不就是块磁铁吗。而且那衣服好奇怪。”凪说道，“你说什么！可恶，看来得给你们点教训，上，尖牙猪。”那人出动了自己的神奇宝贝，凪和连也派出了小雷龙和龙角犀，“尖牙猪，用角撞！”尖牙猪朝小雷龙和龙角犀冲了过去，两只神奇宝贝一左一右的避开了，“你们上当了。”那人跟在尖牙猪后面离开了。“被他逃了。博士，他手上拿着的是什么东西？”凪问博士，“对啊，妈，那个是什么东西？”连也问道，“你们跟我进来吧。”紫兰博士走进了研究所，凪和连对

望了一下，就跟着走进去。“刚才那个人拿走的是能量探测器。”博士等两人进来后说道，“探测器？那个人要用它做什么？”连问道，“目前还不清楚，不过应该是想用探测器来寻找某样东西。凪，连，你们明天就出发去寻找探测器，并且可以带上图鉴和我的三只神奇宝贝中的一只。”“真的吗，妈妈？”连问道，“对，并且你们可以在旅途中完成你们两个的目标，但是记得要将图鉴收齐。你们的训练不就是为此而准备的吗？好了，你们俩准备一下，明天再出发。”紫兰博士对两人说道，两人听完后就朝楼上跑去。第一场完

第二场 VS绿叶鹰早上，凪来到研究所，“博士，我来领取图鉴和神奇宝贝了。”“凪，你太慢了，连已经出发了。给，图鉴和神奇宝贝。”博士将图鉴和一颗精灵球交给凪，“什么，连他已经出发了，那我不就是第二个出发的了。”凪接过图鉴和精灵球后说道，“不，你是第三个，在你之前还有一个女孩也拿了神奇宝贝和图鉴出发了。”博士拿起热咖啡喝了一口后说道，“好了，博士我也要出发了。再见。”凪的话刚说完就离开了研究所。紫兰博士望着凪离开的身影，直到自己的电脑传出声音。“紫兰，事情完成得怎样？”电脑传出一个声音，“大木，我已经将你制作的三个第七代图鉴交给适合的人了。”“这样啊，希望那三人能将奥义地区的所有精灵都收齐吧。对了，你说有重要的事要告诉我，是什么事？”大木博士问道，“是关于探测器被拿走的事。”“什么！你说的是我们几个博士合力制作出来的探测器吗？”“是的。不过我已经委托其中两位少年去寻找探测器了，那两位少年绝对可以胜任。”“是吗，那就只能将希望寄托在他们两人身上了。”凪来到洁白镇和柳叶镇之间的蓝色草原，“小雷龙，我们来认识一下新的伙伴吧，”凪对在自己头上的小雷龙说道，