相比目前传统家用吸尘器流行的多级旋风无耗材过滤系统，智能吸尘器因为产品体积和能源消耗等原因，暂时还没有采用无耗材过滤系统的产品诞生。普通用户在选购智能吸尘器产品时，除尘过滤系统往往容易被用户所忽视，作为智能吸尘器的主要耗材之一，集尘盒的过滤网是消费者在选购产品时应该注意的方面之一。
在智能吸尘器清扫地面的整个过程中，机身内部的吸尘马达高速旋转产生负压，而高速气流将边刷和滚刷带起的灰尘和脏物被过滤网滞留于集尘盒内，清洁后的空气则通过过滤网循环重新进入室内，作为整个清洁系统的最后一道关卡，过滤网主要起到过滤细小灰尘防止二次污染的重要作用。
我们常见的智能吸尘器产品使用的过滤网为了保证过滤性能，很少使用损的单层材质滤网，一般产品都采用由无纺布、合成纤维及活性炭等混合材质组成的多层滤网，部易分高档产品（如Neato XV-11）则采用超细聚丙烯（俗称PP）材质的HEPA高效空气过滤系统。HEPA过滤网拥有风阻小、单位面积容尘量大、过滤效率高、寿命长的特点，将逐步取代传统混合材质的过滤网。目前HEPA12（欧标）等级滤网的过滤效率已达99.5%以上（最易穿透粒径MPPS数值），随着生产成本的下降和产品竞争等因素，HEPA是未来智能吸尘器除尘过滤系统的主流趋势。

但是出于成本因素考虑，暂不建议用户将采用HEPA滤网作为智能吸尘器产品选购的必要条件：因为一般家庭并非绝对无尘环境，普通的多层合成滤网已经能够满足大部分家庭使用要求，但是如果家庭成员如婴幼儿有粉尘过敏等症状，采用HEPA高效过滤网的智能吸尘器则可让您的家人减少过敏反应无疑成为首选。