随后，蒙哥根据兀良合台的建议，按蒙古军政合一的制度，将原有的三十七部并成十九个万户府，任命土人和蒙古官员为万户长和达鲁花赤，兀良合台任都元帅总镇其地。一二六○年，忽必烈即位后，在一二六三年至一二七一年间先后派遣昔撤昔、也先、宝合丁、阿鲁帖木儿担任此职。在云南设省以前，他们是云南地区的军政首领。

忽必烈北返时，还留下宗王不花驻守云南（中统二年封为建昌王），重大军政事宜都元帅必须向宗王请示。一二六七年，忽必烈封皇子忽哥赤为云南王，

又设大理等处行六部和王傅府，以行六部的尚书、侍郎兼王傅府的王傅、府尉和司马，行政机关和王府机构合为一体。一二七一年，忽哥赤被都元帅宝合丁等毒死，元朝又以南平王秃忽鲁出镇云南。

可以说西南 特别是云南，是最后的蒙古里亚人种，不是北鞑子能比的

镇戍云南的诸王和军事将领包括：“蒙古、色目、汉人”

大理的采矿、冶金业已相当发展。宋人形容大理制作的刀“铁青黑”，“南人最贵之”，锐利程度可以吹毛透风。