这种设计最初通过在内含子中插入一个基因破坏盒（含有一个带有剪切受体的报告基因和一个抗性基因，两个元件之间有一个loxP位点，两元件两测各有一个Frt位点，如图所示）来达到敲除的目的。除了基因破坏盒，在目的基因敲除的外显子两侧各插入两个loxP位点。因此得到的小鼠是目的基因敲除同时敲进报告基因与抗性基因的小鼠。当此小鼠与表达Cre的小鼠交配时，可获得目的基因敲除同时敲进报告基因的小鼠。而当此小鼠与Flip小鼠交配时，可修复已敲除基因的表达，获得目的基因条件性敲除小鼠，在此基础上再与Cre小鼠交配又可获得目的基因敲除小鼠。LoxP与Cre介导的敲除均可以时间特异性、组织特异性的方式实现。