☆【特务机关NERV】 原名【特务机关ネルフ】
　　由国联直属的非公开组织，也是超法规的武装集团。表面上其任 务是为了预防"第三次冲击"以及对使徒进行调查、研究、歼灭 的工作，但其实质的目的是执行"人类补完计划"。其前身是在 "第二次冲击"后创立的人工进化研究所，也可称作"GEHIRN" （在德语中意为"脑"）。2010年，MAGI电脑系统完成后，改组 为NERV（德语中意为"神经"）。最高司令官碇元渡，副司令为冬月。位于第三新东京市的地下，在世界各国亦有诸多的分部，是个跨国界的庞大组织。
☆【HUMAN AID PROJECT】 原名【人类补完计划】
由SEELE、 人类补完委员会与碇元渡共同推进的极密计划，目的 是决定未来人类进化与发展的方向，具体内容不明。 SEELE与人 类补完委员会依照"死海文书"与"里死海文书"中的记录来推 进计划的步伐，他们的目标，是"为了封闭的人类再生的通过仪式"
☆【HUMAN AID PROJECT COMMITTEE】 原名【人类补完委员会】
　　不但操纵着NERV，并能涉政国联的巨大谜之组织----SEELE， 在 "第二次冲击"之前就已形成。包括基路·洛仑兹在内的五人构 成了这个"人类补完委员会"，这五位委员的国籍分别为英、德、 法、美、俄，该组织在世界各国开设了分支部门。举行会议时所 见到的，只是他们的三维影像，其本部所在位置不明。 在TV版中担任五人CV的分别为清川元梦、长登高士、铃木腾美、 子安武人、永野广一和关智一。
☆【SEELE】 原名【セ-レ】
　　早在"第二次冲击"之前就已存在的组织，SEELE在德语中， 是 "灵魂"的意思。一般元渡与冬月都称之为"SEELE的老人们"， 但通常见不到他们本人，类似于石阵排列的巨大屏幕上，只有01 至12排列的数字及只标有"SOUND ONLY"的程序。那十二个声音 之一的"基路议长"是SEELE的中心人物，在幕后操作NERV， 按 "死海文书"去执行人类补完计划。
　　☆【SECOND IMPACT】 原名【セカンドインパクト】
　　于西历2000年9月13日发生的世界规模大灾害。 当时国联宣布其原因是由于在南极大陆的玛卡姆山，有大质量的陨石以光速数倍 的速度冲击所造成。这是40亿年以来，继造成恐龙灭绝的行星撞 击之后灾害最深重的一起天灾，故称之为"第二次冲击"。但其 真相，并未有陨石落下， 而是SEELE与元渡他们将不知为何觉醒来的第一使徒亚当还原成最初状态把受害程度降至最小的结果。 其造成的大爆炸中心，出现过四枚巨大的翅膀，受其影响，南极融化，地轴扭曲，地球气候变更，人口减半…… 那一日，是人类的灾难日。 也是渚薰的诞生日。 
　　☆【A·T·FIELD】 原名【A·T·フイ-ルド】
　　ABSOLUTE TERROR FIELD的缩写。主要指使徒与EVA战斗是产生的 防御罩，其防御力使人类的一切兵器都无法发挥效用。可直译为 "绝对恐怖的领域"（简称"绝对领域"）或"绝对不可侵犯的 领域"。第十七使徒渚薰对其解释为"任何人也无法侵犯的神圣 领域"、"心之光"、"在谁心里都存在的心之壁"。因为形成 的原因是空间相对位移，所以除了防御之外，也可作为攻击性的 武器来使用。 
　　☆【莉莉斯＆李林】 原名【リリス＆リリン】
　　在犹太教的法典记载有"亚当与第一位妻子莉莉斯生下了恶魔之子李林"。而旧约圣书·创世纪中也有"亚当用自己的肋骨制造 了他的第二个妻子夏娃（EVA）"的记录。 于NERV本部的最下层禁区的十字架上，有一个白色的、拥有七只 眼的巨人，后被第十七使徒渚薰证实为莉莉斯。原先她只有上半身，但隆基亚斯之枪被拔去后，开始长出足，而且腹部开始膨胀， 有妊娠现象。至于渚薰提到的李林，指的应当就是人类。
　　☆【MAGI-SYSTEM】 原名【ムギシステム】
　　由赤木尚子博士开发的、搭载有人格移植OS的超级电脑系统。它由三台独立完成思考的电脑组成，并以东方三圣者命名，分别为 MELCHIOR·1、BALTHASAR·2、CASPER·3。它们分别被移植入赤 木博士作为科学家、母亲与女性的三种思维模式。向MAGI提出的 问题，由三台电脑协议以多数通过。同时，拷贝MAGI的系统，在 美国、中国与德国等许多国家都有使用，其作用可将国家建设的支出降至最小。当然，NERV的MAGI系统，主要用于NERV的管理与对使徒的作战分述。