著名的关于秘密巫术智慧的作品——
“神秘”书——是公元1到4世纪之间在埃及成书的希腊文著作，由在埃及文坛占统治地位的那些讲希腊语的文人写成。在这些作品中，埃及的透特神——希腊神话中与他所对应的神 为赫尔墨斯——被描述为教导了希腊的医药之神阿斯克勒庇俄斯。在这同一个故事的另一版本中，教授秘密智慧的导师是伊希斯，她指导了自己的儿子荷鲁斯。相传这些作品的大部分都是由一位传说中的埃及圣贤赫尔墨斯·特利斯墨吉斯忒斯所著，他与犹太圣贤摩西生活在同一时期。虽然这些作品据称可以追溯到古埃及，但它们实际上是把希腊、犹太、波斯和埃及思想放进北部埃及这个大熔炉（特别是亚历山大城）后得到的产物。
这些神秘书可以分为泾渭分明的两大类。一类是巫术魔法技艺的大杂烩，包括占星术和炼金术（把廉价金属变成黄金的尝试）。另一类则是哲学和神学著作，大部分专注于对灵魂自由的神秘探索。那些讨论炼金术的作品实际上常常是在描述一次神秘实验。炼金术和占星术在这些神秘书中都被错误地认为是源自埃及。
许多古代社会中都有着各种各样的占星术，但是存在至今的那套精密占星体系直到公元前1000年才出现。黄道带完整的12个符号实际上是由希腊天文学家发展出来的，他们把自己的学问与埃及和美索不达米亚星象知识糅合在了一起。炼金术也被错误地归功于埃及祭司，这部分是由于希腊作家索西摩斯把孟斐斯祭司的烘烤炉说成了炼金炉。这些炉子实际上是用来烧制巫术小雕像而不是把铅转变成金子的。
具有科学意义的巫术建立在一些对深奥文化传统的书面记载的基础上，而非村庄中流传的民间做法。它并非只是一些胸怀雄心大志而无视道德观念的神职人员偷偷摸摸进行的某种行为，早期科学家希望能运用占星术和炼金术来了解物质的属性。自从17世纪的科学发展以来，西欧人一直倾向于把整个宇宙视为机械性的——也就是说，它严格按照其规律来运行，各种物体间的相互作用是完全直接并可预测的。这就是像艾萨克·牛顿爵士那样的17世纪思想家所描绘出来的宇宙，他的物理法则构成了现代科学的基础之一。然而牛顿也对巫术魔法很感兴趣，即使是在发展自己的新法则的同时，他也涉足了炼金术和占星术。
在17世纪之前，哲学家所相信的整个世界的运行法则与我们今天所接受的“机械”宇宙截然不同。人们认为所有的物质中都浸透着某种“精神”或者说效力，能够以巫术的方式远距离地影响其他物质。占星术正是建立在这一观点的基础之上。
随着真正的科学知识在17世纪的成长，炼金术所依赖的基础理论最终被证伪，而这种施为也彻底遭到了推翻。正如现代的占星术那样，行星都具有某些“效力”，能在其影响力范围内作用于周遭的所有物体。这些天体的“效力”通常都被人性化为魔鬼，因此人们普遍认为占星家都得和这些魔鬼打交道；占星家们自己则把这些魔鬼视为自然世界运转的一部分，所以它们也就不会是天性本恶的。在他们的观念中，魔鬼其实是另一种天使。这些天使类的魔鬼作为“自然界”力量在世界中为上帝服务，而不是和传统意义上的天使一样留在天堂里。对于文艺复兴时期的哲学家来说，要公开阐明这一理论仍是相当危险的，大多数人都选择闭口不提自己在占星术中到底有多大程度上用到了魔鬼。
同时存在于这一时期的一些其他巫术施为并不牵扯到魔鬼，而是建立在一切物质皆有“精神”这个观念之上。神学家圣托马斯·阿奎那曾经认可说，存在着“自然巫术”这种形式，一个基督徒可以对此加以使用而不会获罪。一些草药和矿物质就被看作具有自然巫术性质。人们把这些性质视为“交感”，而在这种交感之下一种事物与另一事物或另一个人建立起了某种神秘的联系。如果使用得当，这种事物间的交感可以产生某种实际效果，例如治疗功效。
炼金术最早在公元纪年后的几百年间出现于埃及的亚历山大城。接下来它又在拜占庭帝国和阿拉伯文明中被人们施用，随后于12世纪传入西欧。炼金术所依赖的基础是这样一个信念：所有的物质都是由气、土、火、水这四种元素混合而成的。人们认为所有的金属都是由硫磺（代表了火）和水银（代表了水）组成的。
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