• 土壤改良
• 现代的农田，常因长期使用农药的关系，使土壤中的微生物产生不平衡的单一化，使病源菌处于优势的状态，而使用有效微生物可使土壤活化，地力得以复原，并减少病源菌的生长。
• 我们可以在土壤中混入EM有机肥，并以 10公斤 /一分地的量灌注EM菌液，并在土上覆盖不透明物，2星期~1个月后可使有效微生物群在土中取得优势，可消灭病源菌，并改善土壤品质。
• 当病害情况特别严重时，施用 50公升 /1分地的EM菌液灌溉土壤，并充份灌溉水份，以便于让EM菌液能渗透到土壤深层。
• 病虫害的防制
• 病虫害的发生大多和土壤的状态不佳以及生物圈被农药破坏有关，因为土壤中没有可以防制害虫生长的微生物，如环境中可以吃掉害虫的生物 (如螳螂、瓢虫等)，所以改善土壤品质和回复生物圈的活性对病虫害的防制有着关键性的影响。