南北直隶本身没有官署、没有机构、没有行政长官，顺天府、应天府虽然是京府，但也还是府级，府尹是不能管其他府州的。没官署、没机构、没长官自然就不能称之为政区了。实际上，直隶用于现在的话说，就是“直接管辖的区域”，北直隶的意思就是“北边(中央)直辖的区域”。其实这一制度还源自元朝，我们的地图上一般把元朝中书省直辖区域就用“中书省”表示，元朝的中书省用现在的话说，就是“国务院”。元朝对这一区域则用“腹里”一词表示，明朝改用“直隶”表示。后来撤消北平布政、按察两司后，原直隶改称南直隶，简称南直；而北平两司原辖区域也是直辖区，因此称为北直隶，简称北直。(同时撤消的还有北平都司，原辖卫所也由后军都督府直隶了)至于《明史》中的京师、南京严格的说也是错误的，因为京师指京师城，南京指南京城，它们本身也都不是政区。只能说用京师代指北直、用南京代指南直。

南北直隶也有巡道和守道，但正因为南北直隶不是政区，所以各道的参政、参议、副使、佥事们只能挂靠在邻近的两司。其中：北直隶密云、大名、天津、霸州四道，由山东带管；易州、口北、昌平、井陉、蓟州、永平等六道，由山西带管。南直隶太仓、颍州、徐州三道，由山东带管；苏松、漕储、常镇、庐凤、徽宁池太、淮扬六道，由浙江、江西、湖广带管

监察御史：明朝监察御史分十三道，按布按两司划分，每道管本司事务，另兼管中央部门、南京部门、都司卫所、王府、五城、特殊机构如盐司、土司等和南北直府州的事务。其中：北直顺天、永平、广平三府归云南道管，保定、真定二府归广西道管，河间、顺德二府、保安州归贵州道管，大名府归河南道管，延庆州归广东道管南直应天府归广东道管，常州、池州二府归福建道管，安庆、徽州归广西道管，镇江、太平二府归山西道管，凤阳府、徐、滁二州归山东道管，松江府、广德州归四川道管，苏州府归贵州道管，扬州府归河南道管，庐州府归浙江道管，淮安府归江西道管，宁国府归湖广道管，和州归陕西道管其中广东、河南、广西、贵州四道同时管有南北直的府州。到了清朝，直隶省事务划归河南道，后划京畿道；江南省事务划归新设的江南道。

这从上面可以看出来，在区域涉及地方具体事务的中央衙门中，南北直各府州都是由中央直管的，而且每个部门管得还不一样。

府、直隶州的历史与变更南直隶：元属江浙行中书省、淮南江北行中书省、河南江北行中书省。龙凤元年(元至正十五年，1355)太平路改置太平府；二年(1356)集庆路、镇江路、广德路分别改置应天府、江淮府、广兴府；同年宋置江南行中书省，治应天府，辖应天府、太平府、江淮府、广兴府、常州路、扬州路、庐州路、安庆路；同年江淮府更名镇江府；三年(1357)常州路改置长春府，寻更名常州府；宁国路、徽州路分别改置宁国府、新安府来属；扬州路改置淮海府；六年(1360)信州路改置广信府，与铅山直隶州来属；七年(1361)宁国府更名宣城府；池州路改置九华府，寻更名池州府来属；安庆路改置宁江府；淮海府更名维扬府；饶州路改置鄱阳府来属；八年(1362)宁江府更名安庆府；鄱阳府更名饶州府，与广信府、铅山直隶州另属江西行省；十年(1364)置中书省，省江南行省入，所辖直属中书省，俗称直隶；同年置江淮行中书省，治庐州府，庐州路改置庐州府来属江淮行省；十二年(1366)维扬府、宣城府分别更名扬州府、宣州府；淮安路、高邮府、安丰路来属江淮行省；同年省江淮行省入中书省，同时安丰路、淮安路分别改置寿春府、淮安府；同年湖州路、嘉兴路分别改置湖州府、嘉兴府来属；吴元年(1367)寿春府降散州，濠州升临濠府；新安府、宣州府分别更名徽州府、宁国府；平江路改置苏州府，与松江府来属；洪武元年(1368)高邮府降散州；同年定应天府为南京，为国都；二年(1369)定临濠府为中都，泗州、寿州分别升泗州直隶州、寿州直隶州；四年(1371)泗州直隶州、寿州直隶州俱降散州；广兴府降广德直隶州；六年(1373)临濠府更名中立府；七年(1374)中立府更名凤阳府；十一年(1378)改南京为京师；十三年(1380)废中书省，中书省直辖府州改为直属六部，仍俗称直隶；十四年(1381)徐州升为徐州直隶州；湖州府、嘉兴府另属浙江行省；二十二年(1389)和州、滁州分别升和州直隶州、滁州直隶州；永乐十九年(1421)改京师为南京，直隶改称南直隶；洪熙元年(1425)复改南京为京师；正统六年(1441)复改京师为南京；万历末年常州府更名尝州府。

应天府
府治在今江苏省南京市辖附郭县：上元县、江宁县其他辖县：句容县、溧阳县、溧水县、高淳县、江浦县、六合县

凤阳府
府治在今安徽省凤阳县辖附郭县：凤阳县其他辖县：临淮县、怀远县、定远县、五河县、虹县属州及其辖县：寿州（霍丘县、蒙城县）；泗州（盱眙县、天长县）、宿州（灵璧县）、颍州（颍上县、太和县）、亳州

淮安府
府治在今江苏省淮安市淮安区（原县级淮安市）辖附郭县：山阳县其他辖县：清河县（淮阴）、盐城县、安东县、桃源县、沭阳县属州及其辖县：海州（赣榆县）、邳州（宿迁县、睢宁县）

扬州府
府治在今江苏省扬州市辖附郭县：江都县其他辖县：仪真县、泰兴县属州及其辖县：高邮州（宝应县、兴化市）、泰州（如皋县）、通州（海门市）

苏州府
府治在今江苏省苏州市辖附郭县：吴县、长洲县其他辖县：吴江县、昆山县、常熟县、嘉定县属州及其辖县：太仓州（崇明县）

松江府府
治在今上海市松江区辖附郭县： 华亭县其他辖县：上海县、青浦县

常州府
府治在今江苏省常州市辖附郭县： 武进县其他辖县：无锡县、宜兴县、江阴县、靖江县

镇江府
府治在今江苏省镇江市辖附郭县： 丹徒县其他辖县：丹阳县、金坛县

庐州府
府治在今安徽省合肥市辖附郭县：合肥县其他辖县：舒城县、庐江县属州及其辖县：无为州（巢县）、六安州（英山县、霍山县）