首都儿科研究所前身是中国医学科学院儿科研究所，成立于1958年，是新中国第一家以研究儿童保健、儿科疾病为重点，兼有医疗、教学和预防任务的应用医学研究机构。其首任所长是被称为中国儿科学奠基人的诸福棠院士，第二任所长是被称为中国儿童保健事业创始人的薛沁冰研究员。刚成立时，协和儿科是其主要力量，著名儿科专家、儿科先驱周华康任首任副所长。1969年被拆散，75年左右恢复。1983年归属北京市卫生局并在中国医学科学院肿瘤医院旧址上组建附属儿童医院，1986年附属儿童医院正式开院。研究所和附属儿童医院地处朝阳区雅宝路2号，占地面28815平方米，建筑面积50649平方米。