1、生殖道畸形。在胚胎发育中一侧副中肾管可以发育良好，形成发育较好的单角子宫。而另一侧副中肾管发育不好形成残角或始基子宫，与对侧不贯通，也不通向体外始基子宫一般无宫腔，或有宫腔也缺乏子宫内膜；如果始基子宫有功能反应，表现为周期性出血则可因宫腔积血而引起痛经http://www.jnxhfk.com/tongjing/。患者多为少女。
2、盆腔子宫内膜异位症。痛经是子宫内膜异位症的主要症状卵巢、子宫骰骨韧带、子宫直肠窝、盆腔腹膜等处异位的内膜组织在月经周期中同样受卵巢激素的影响，而有周期性变化。