斯顿同时发生的两起爆炸案才过几分钟，阴谋论已开始发酵。阴谋论者亚历克斯·琼斯至今还没遇到过剖析不了的惨剧，他第一时间就发布了推特：
“我们同情波士顿马拉松爆炸案中的伤者和逝者——但阴谋嫁祸已呼之欲出。”
——亚历克斯·琼斯（@RealAlexJones）2013年4月15日
琼斯的人造新闻网站Info Wars撰文讲述了本次爆炸案与FBI的训练演习何其相似——文中称：
“记住，我绝没有将此案归咎于FBI。爆炸案中和FBI一起营救的人都是正直的良民，这样的行为值得表扬。但理论上，有可能是FBI诸多“恐怖行动阴谋”中较过火的一起，最终不幸演变成了现场爆炸案，而非以“国内恐怖主义”之名放置的一颗哑弹。
特别注意最终因此而被怪罪的人，特别是那些老兵或者爱国者。”