三冲发动，不过不是真嗣。真嗣当时从初号机的核心中拉出了丽，但那个丽是碇唯的具象化，NERV便在六号机封印初号机后，将碇唯的灵魂拉出与莉莉斯融合，导致真正的三冲，人类补完变成EVA素体的模样，渴望与莉莉斯结合（类似EOE中初号机要与莉莉斯结合）但是，此时六号机驾驶员 东治 砍下莉莉斯的头强行终止三冲，但世界已经崩坏，渚熏或其他力量把六号机与莉莉斯用两枪封印并封印中央教条。。这也是为什么莉莉斯的大头更像碇唯而不是绫波以及莉莉斯身体边的骷髅头为什么是人形但非常大。。。然后美里他们明白了NERV的真正目的，脱离NERV成立WILLE。。接着就是Q了。。