基本上，瑜伽治疗法是一种自疗的系统，从瑜伽的观点来看，任何疾病，功能失调皆源于不当的生活方式，不良习惯，不适当的饮食，或缺乏和人息息相关的基本常识。因此，疾病可算是身体自律系统在短期内或长期功能失调后的必然反应。这种功能失调常由于内在体质的不平衡，或个人的某些疏忽所致。
在瑜伽的古典教材中，瑜伽能够促使脑内产生“邱备威沙尔加（由脑内上部分泌的甘露）”，还有苏摩（ｓｏｍａ）、长生水（ａｍｉｉｔａ）等分泌物也会被释放出来，藉着这些分泌的伟大效力，使得人成为不知疾病为何物的完全健康体，同时拥有直觉力、创造力以致福感、超能力，甚至于领悟力。而这也就是瑜伽行者长年实践与身体的深切洞察，而体会到的伟大身体以及生命的智慧。
既然疾病是源于自己所犯的错误，那么治疗方法自然也要本人去更正那些错误。对于疾病的治疗过程与效果，是和患者本人息息相关。病因和疗法的互动关系，奠基在病人对自己所付出的努力是否具有信心。
瑜伽体位法采取各种不同的独特姿势给予头脑、骨骼、肌肉、内脏、神经、内分泌腺体适度的刺激。通过强化腹腔内脏器官，使身心亦可自然安定统一。
人体的眼、耳、鼻、舌、身、意（六根）等各种感官及四肢与内脏息息相关，中医脏象学说：“肝藏魂开窍于眼，肺藏魂开窍于鼻，心藏魂开窍于舌，肾藏志开窍于耳，脾藏意开窍于口，并主四肢。”因此，瑜伽静坐首先要摄心、凝神、六根不漏、精神内守，达到无念、无想、无佳的禅定。
瑜伽治疗的过程包括三个步骤：适当的膳食；适当的瑜伽练习；个人的基本生活常识。
依循这些要点，诸多疑难杂症都回迎刃而解。有趣的一点是，各种瑜伽动作，通常同时兼有创造性，预防性和治病的奇效。然而，一个病人所做的瑜伽练习和专门瑜伽教练的教导，也许方法上仍有些差别。特殊病例的患者只能做他所符合的瑜伽动作。
只要做些体能上承担得了的姿势，病人便可以重获一种调节体质、消除疾病的本质。待疾病消失后，体能增强了，那时再做同样的瑜伽姿势，就比初学时更纯熟和精炼。
