学科与学生–多对多，学生与成绩–多对多，学科与成绩–一对多，每科的成绩表分开

我是这样想的，首先你得弄清楚她们之间的对应关系，让后进行相关的配置，最后编写hql语句进行操作，
对应关系楼上的说了，
配置。。。。
hql语句的话你想取那个直接select，后面就是她们三个表的关联（join）后面就是on她们的外键相等。