1566年（ 明世宗 嘉靖四十五年），明政府 平定 龙州宣抚司世袭 宣抚使 薛兆乾叛乱后，在龙州境内实行改土设流。改龙州宣抚司为 龙安府 ，上隶四川承宣布政使司，先后拨江油、 石泉 二县及青川守御千户所归龙安府管辖。原世袭龙州宣抚司宣抚使之职的薛姓土司降为 龙溪 堡土知事，管辖虎牙河流域（今虎牙藏族乡）的木瓜番人和泗耳河流域（今泗耳藏族乡）的 白草 番人；原世袭龙州宣抚司宣抚副使之职的李姓土司改任艾林堡土通判，管辖石泉境内的白草番人；原世袭龙州宣抚司佥事之职的王姓土司则分为二支：黄羊关土长官司管辖 白马路 （今白马藏族乡及王朗自然保护区）和黄羊河流域（今黄羊关藏族乡）的白马番人，阳地隘土通判管辖火溪沟（今木座藏族乡和木皮藏族乡）的白马番人。各土司归龙安府节制，但又有其独立性。

　　1590年（明神宗万历十八年），新设 宁武县 附郭，与龙安府同治今平武县城龙安镇。1591年（万历十九年），改宁武县为平武县。此为县境内第三次以“平武”为名建县。此后，县名及治地至今未变。
　　1649年（清顺治六年），清军攻占龙安府，各土司亦相继归顺清朝。清政府仍设龙安府，下辖平武、江油、石泉三县，黄羊关土长官司、阳地隘土通判、龙溪堡土知事三土司和青川守御千户所。1653年（顺治十年），省江油县入平武县。1659年（顺治十六年），裁青川守御千户所并入平武县。
　　1662年（康熙元年），复设江油县隶龙安府，仍治今江油市武都镇。
　　1729年（ 雍正 七年），拨松潘卫隶龙安府。1731年（雍正九年），拨
彰明县隶龙安府，改松潘卫为松潘厅。同年，平武县设县丞署于青川（今青川县青溪镇），分管原青川守御千户所辖地。

　1760年
（ 乾隆 二十五年），松潘厅由散厅升为直隶厅，脱离龙安府管辖范围。
　　1802年（嘉庆七年），平武县设主簿署于大印，管辖县 南平 通河流域。
　　1913年（民国二年），国民政府施废除龙安府，仍设平武县和黄羊关土长官司、阳地隘土通判、龙溪堡土知事三土司，隶 川西 道（治成都，次年更名 西川 道）。平武县原县丞署辖地改设青川分县（至民国十八年撤销），主簿署辖地则直隶于县。
　　1918年（民国七年）后，县境进入 军阀割据 的防区制时期。
　　1926年（民国十三年），撤销西川道，平武县直隶于省。

　　1935年（民国二十四年）4月11日至6月5日，中国工农 红军 第四方面军长征过境。红军驻县期间，在当时的县境内先后建立了 赤水 县苏维埃（驻今青川县青溪镇）、平武县苏维埃（驻县城）、 平南 县苏维埃（驻今平南乡）。红军离境后，赤水和平南两县建置自动撤销。
　　1935年（民国二十四年）年6月，川政统一，平武县归四川省政府设第十四行政督察区（ 专员公署 驻剑阁县城）管辖。
　　1936年（民国二十五年），分区设署，全县分设三个区：一区区署先驻县城、后迁水晶，二区区署驻煽铁沟，三区区署驻青溪。三土司世袭领地始在名义上纳入平武县管辖范围。

1930年（民国二十九年），将三土司世袭领地统一改称“夷地”，实行 改土归流 ，分别建立黄羊、阳地、虎牙三个特编乡，预备在三土司领地内推行保甲制，因土司抵制、番民梗阻而未成，仍实行番官、头人制度。
　　1942年（民国三十一年）4月，四川省政府分出平武县第三区建立青川县。同年，改土司领地三特编乡为乡，隶平武县第一区，三土司名存实亡，当代平武县基本形成。
　　1949年10月1日， 中华人民共和国 成立。12月27日，平武县解放。

　　1950年1月，平武县人民政府建立，隶剑阁专区（治今 广元 市）。当年7月，建立藏族自治委员会，下设黄羊、白熊、虎牙3个大部落，在原土司世袭领地内恢复番官、头人制度。藏族自治委员会辖区以外，分设5个区、19个乡。1951年9月，改藏族自治委员会为藏族 自治区 。
　　1952年12月，剑阁专区更名广元专区。1953年3月，撤销广元专区，平武县改隶 绵阳专区 。1956年2月，划 白石乡 隶江油县，甘溪、桂溪、都坝、贯岭4乡隶北川县，全县境域格局基本定型。
　　1956年10月，藏族自治区民主改革完成，在县境内沿袭了755年之久的 土司制度 正式宣告结束。
　　1985年2月，撤销绵阳地区，建立 绵阳市 ，平武县改隶绵阳市。