刚开始是猴子巨人与人类的斗争，人类为了对抗猴子巨人创造出了巨人化技术，巨人化技术起初让人类占到上风，消灭了大部分猴子巨人，但是后来巨人化技术显现出了致命的问题：巨人化技术不成熟导致巨人化时间过长就会造成智力退化，并且吃人类。
政府为了不让大众恐慌，同时保持威信，隐瞒了巨人的真相。猴子巨人之前已经被人类巨人打败，现在人类要对付的反倒是曾经人类存亡而战的巨人。而猴子巨人也开始隐居幕后，最后掌握了驯化退化巨人的技术，甚至也驯化了很大一部分退化巨人。
在长久的斗争中，人类也忘却了猴子巨人的存在。最终人类被退化的巨人逼到绝境， 残存的人类巨人也不知道自己何时就会退化，为了保存人类，残存的人类巨人以身体造就了三道城墙，撤退中，人类精英为了保护平民撤退，几乎损伤殆尽，这也就是为什么墙中人类技术水平底下的原因。
因为这个沉痛的教训，政府也将巨人化技术列为禁忌。但还是有一部分知晓真相并且渴望城外自由的人（称他们为进击派吧）在暗中研究巨人化技术。 希望能战胜猴子巨人、拯救退化巨人并为人类赢得自由。百年之后，巨人化技术终于取得了突破，新产生的人类巨人已经不会再退化。 于是希望得到政府的支持，加快研究让退化巨人恢复的技术，同时开始向墙外的扩张与反击。
墙内上层安于百年虚假的安宁与繁荣，拒绝了进击派的提议。但是进击派认为人类若继续如此安于圈养的安宁与繁荣，最终必会遭到灭顶之灾。
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于是，故事开始了