仓姑寺最著名的是主佛殿一层地下的松赞干布修行洞。洞内供奉着吐蕃国王松赞干布塑像，每天有3名专职的尼姑在这里，按时诵经祈祷，摆放供品。多少个世纪以来，这个古老神圣的修行洞，不知迎来送往了多少来自各地的香客和朝圣者，接受着信徒们的顶礼膜拜直到今天。