图腾崇拜是疍民最原始最古老的信仰习俗。明清以前，凡船舶停泊处的岸边均建有蛇神宫。明邝露《赤雅》载：“人神宫，画蛇以祭，自云龙种。浮家泛宅，或住水浒，或住水澜，捕鱼而食，不事耕种。”据民国徐松石考证：疍民是“南中国最初土著的一种，与伏羲女娲也是同一血统，伏羲女娲是古代龙蛇图腾部族的首领。疍民自称龙户，又奉崇龙蛇。张土琏《海阳国志》载‘潮州人神宫皆作蛇象。’海陆丰庙宇神宫大都画龙和塑龙像。”(见《泰僮越族考源》)指出海陆丰有很多画或泥塑龙像的人神宫。经笔者调查，海陆丰称蛇神宫为东宫或东家宫，现甲子、捷胜、红草、赤坑、梅陇、东涌等沿海地区犹有宫的地名遗址存在。清末，这种延续几千年的蛇神图腾已经式微，至今，后船渔民全都不知道先辈有蛇神图腾崇拜的风俗。但渔船或船屋中的祖宗神龛，尚有其崇拜的余风，如神龛的形状为龙殿，朱红色；殿口有2条金龙盘柱，内设祖宗牌位，并在船屋内设神座祀天后圣母、玄天上帝等。

妈祖是疍民渔业生产和起居生活的保护神。离汕尾新港浮水乡不远的大华妈祖庙后石壁，有清乾隆春清军游击赖天祥、守备林景题写的摩岩石刻“回澜”、“保障”各二字。相传赖天祥、林景等清军将领乘船航行至汕尾海面，黑夜遇到大风暴，幸蒙妈祖显示，靠岸避风，天明才知是“大华天后庙”，回朝奏请圣旨重修天后庙，故当地又称为“圣旨妈庙”。香火极为隆盛，是浮水乡后船渔民早晚顶礼膜拜的地方。每届年节，特别是三月二十三日的“天后诞”，疍民都要到大德天妃庙、捷胜龟龄岛天妃庙等进香礼拜，恭贺妈祖生日。外地流动渔船和本地渔船靠泊妈祖庙戏台相对的海面上，坐在船甲板上通宵达旦地看白字或正字、西秦戏演出。渔船麇集，云帆簇立，蔚为奇观。

玄武崇拜也是疍民重要的信仰习俗之一。屈大均《广东新语》云：“吾粤多真武宫，称曰祖庙。其像披发不冠，服帝服而建玄旗，一金剑竖前，一龟一蛇，蟠结左右。”真武，又称玄武、北帝等，是龟蛇合体、神佛合体的水神，故汕尾港后船渔民称之为“佛祖”。明清时期，海陆丰各墟镇、尤其是地处海国的各渔港都筑有玄武庙，其中碣石港有6座，是全市玄武庙最多的地方。玄武山元山寺，是历史最悠久、建筑面积最宽、文化习俗影响最广的真武庙。始建于南宋建炎元年(1127年)，明洪武二十七年(1394年)移建今址，占地五万多平方米，是一座多组四合院的宫殿式建筑，有殿、舍九十九间。每年三月初三为北帝诞，来自东南亚、港灰装入缝制的小布袋中，然后佩于胸前，多者竟达数十枚，以祈求神祗保佑。