数学系始建于1958年,是菏泽学院最早创建的系科之一。多年来,数学系恪守“博学、慎思、明辨、笃行”的系训,秉承“突出特色、以质立系、以生为本、崇尚创新”的办学理念,确立了“严谨、精约、谐妙、敦爱”之教风和“多闻、审问、勤苦、谦恭”之学风。数学系先后获得菏泽市直先进基层党组织、菏泽学院师德建设先进单位、教学工作先进单位、学生工作先进单位、毕业生就业工作先进单位等荣誉称号。

数学系始终把本科教学工作放在重中之重的位置,加强系内部质保体系建设,加强专业建设和课程建设,建立了完善的教学管理体系,教学管理制度明确,实现了教学管理制度化、规范化,教学质量显著提高,近五年,数学系本科毕业生平均考研率为40.1%,居国内同类院校领先水平。《高等代数》和《数学分析》两门专业核心课程被评为校级精品课程。近三年来,数学系教师公开发表论文156篇,出版专著、教材4部。有29篇论文被SCI、 EI收录。数学系教师承担科研和教改项目10项,其中省厅级项目4项。
