此语出自《朱子语类》卷十二：“孔子所谓‘克己复礼’，《中庸》所谓‘致中和’、‘尊德性’、‘道问学’，《大学》所谓‘明明德’，《书》曰‘人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中’。圣贤千言万语，只是教人明天理，灭人欲。天理明，自不消讲学。人性本明，如宝珠沉溷水中，明不可见；去了溷水，则宝珠依旧自明。”，卷十三又说：“学者须是革尽人欲，复尽天理，方始为学。”朱子的说法，被人总结为六个字“存天理，灭人欲”。此语被我们理解为儒学就是要使人们不能存有一点享受的欲望，而只能做一个苦行僧，因此，它被批判了百年之久，如今想要抛开成见来理解此语，实在是很难，但我们应该解决这个问题，否则，它就好像是“跳进黄河洗不清”的污点了。
我们首先要了解朱子此语中的“天理”与“人欲”的关系，钱穆先生《朱子学提纲》中说：“理学家无不辨天理人欲，然天理人欲同出一心，此亦一体分两体合一之一例。朱子论阳不与阴对，善不与恶对，天理不与人欲对。”这也就是说，“天理”与“人欲”不是对立的，就像天地不是对立关系，男女也不是对立关系一样，当我们把两者看做对立关系的时候，便已经不是朱子的原意，如此，我们所批判的“存天理，灭人欲”就已经不是朱子的话，而是 被我们误解之后的意思了。
何谓“天理”，何谓“人欲”？朱子说：“饮食者，天理也。要求美味，人欲也。”粗茶淡饭是饮食，山珍海味也是饮食，但是，饮食的目的不过是吃饱饭、使身体健康而已，因此，无论是粗茶淡饭还是山珍海味，只要不是为了刻意追求享受，那么都是“天理”；但是，有了粗茶淡饭不吃，却用尽心思去追求山珍海味，那么，欲望也就控制了人心，遮蔽了天理，所以，朱子说：“天理人欲，正但于其交界处理会，不是两个。”“善恶皆是理，恶是指其过处。如恻隐之心本是善，才过便至于姑息。羞恶之心本是善，才过便至于残忍。”因此，本来就只有“天理”，就像“人性善”一样自然而然的，但是，当遇到外界影响而失去分寸、偏离“天理”之时，“人欲”便产生了。
为什么说“天理”要“存”，而“人欲”要“灭”呢？因为“天理”是人生来就有的“本性”，虽然“本性”很难移，却很容易被遮蔽。朱子说：“以理言，则正之胜邪，天理之胜人欲，甚易。而邪之胜正，人欲之胜天理，若甚难。以事言，则正之胜邪，天理之胜人欲，甚难。而邪之胜正，人欲之胜天理，却甚易。正如人参正气稍不足，邪便得以干之。”因此，“存天理，灭人欲”，也就是“诚意正心”的工夫，是“慎独”的工夫，是防微杜渐的工夫。但是，“存天理”是第一，“灭人欲”是第二，如果“天理”不“存”，即使终生“灭人欲”也“灭”不完；如果“人欲”不“灭”，“天理”终究会被“遮蔽”。
有人会说：“没有‘人欲’，社会还会发展吗？”这是现在比较流行的一种错误观念的产物，那就是“欲望是社会发展的动力”，表面看来，此话好象很有道理，而实际上却是错误的，因为这种说法就好比说是“邪恶是社会发展的动力”。华夏文化强调“自强不息”，也就告诉我们，要每人按照自己的本分和职责各敬其业，各尽其力，学生就把学习搞好，农民就把庄稼种好，工人就把工作做好，官员尽官员的本分，难道社会还能贫穷吗？还能不和谐安定吗？如果用欲望去怂恿、诱惑人们去学习、种地、工作、做官，那么，即使想避免“上下交征利而国危”，恐怕很难。人的欲望是无限的，欲望的满足常常伴随着对天地和他人的掠夺，如果我们把人都带到这追求“人欲”的路上，我们也就是罪魁祸首，可是，我们却享受着这些欲望而不只是在饮鸩止渴！所以，“存天理，灭人欲”不仅不能否定，反而更应强调。